De Schmalkaldic League, een alliantie van Lutherse prinsen en steden die beloofden elkaar te beschermen tegen elke religieus gemotiveerde aanval, duurde zestien jaar. De Reformatie had Europa verder verdeeld, al gefragmenteerd door culturele, economische en politieke verschillen. In het Heilige Roomse Rijk, dat een groot deel van Midden-Europa besloeg, botsten de nieuw-Lutherse prinsen met hun keizer: hij was het seculiere hoofd van de katholieke kerk en zij maakten deel uit van een ketterij. Ze bonden zich samen om te overleven.
Midden 1500 was het Heilige Roomse Rijk een fragmentarische groepering van meer dan 300 gebieden, variërend van grote hertogen tot afzonderlijke steden; hoewel grotendeels onafhankelijk, waren ze allemaal enige vorm van loyaliteit aan de keizer verschuldigd. Nadat Luther in 1517 een massaal religieus debat aanwakkerde, via de publicatie van zijn 95 stellingen, namen veel Duitse gebieden zijn ideeën over en bekeerden ze zich van de bestaande katholieke kerk. Het rijk was echter een intrinsiek katholieke instelling en de keizer was het seculiere hoofd van een katholieke kerk die de ideeën van Luther nu als ketterij beschouwde. In 1521 beloofde keizer Karel V de Lutheranen (deze nieuwe tak van religie werd nog geen protestantisme genoemd) uit zijn koninkrijk te verwijderen, zo nodig met geweld.
Er was geen onmiddellijk gewapend conflict. De Lutherse gebieden waren nog steeds trouw aan de keizer, ook al waren ze impliciet tegen zijn rol in de katholieke kerk; hij was tenslotte het hoofd van hun rijk. Evenzo, hoewel de keizer tegen de Lutheranen was, was hij zonder hen verstrikt: het rijk had krachtige middelen, maar deze waren verdeeld over honderden staten. Gedurende de jaren 1520 had Charles hun steun nodig - militair, politiek en economisch - en hij werd dus verhinderd tegen hen op te treden. Bijgevolg bleven Lutherse ideeën zich verspreiden over de Duitse gebieden.
In 1530 veranderde de situatie. Charles had zijn vrede met Frankrijk in 1529 hernieuwd, de Ottomaanse troepen tijdelijk teruggedreven en zaken geregeld in Spanje; hij wilde deze onderbreking gebruiken om zijn rijk te herenigen, dus het was klaar om elke hernieuwde Ottomaanse dreiging het hoofd te bieden. Bovendien was hij net terug uit Rome en werd hij door de paus tot keizer gekroond, en hij wilde de ketterij beëindigen. Met de katholieke meerderheid in het dieet (of Rijksdag) die een algemene kerkraad eiste en de paus de voorkeur gaf aan wapens, was Charles bereid een compromis te sluiten. Hij vroeg de Lutheranen hun geloof te presenteren op een dieet, dat in Augsburg zou worden gehouden.
Philip Melanchthon bereidde een verklaring voor waarin de Lutherse basisideeën werden gedefinieerd, die nu waren verfijnd door bijna twee decennia van debat en discussie. Dit was de bekentenis van Augsburg en deze werd in juni 1530 afgegeven. Voor veel katholieken kon er echter geen compromis worden gesloten met deze nieuwe ketterij en zij presenteerden een afwijzing van de Lutherse bekentenis getiteld De confutatie van Augsburg. Ondanks het feit dat het zeer diplomatiek was - Melanchthon had de meest omstreden kwesties vermeden en zich gericht op gebieden van waarschijnlijk compromis - de bekentenis werd verworpen door Charles. In plaats daarvan accepteerde hij de confutatie, stemde hij in met een vernieuwing van het Edict of Worms (dat Luther's ideeën verbood), en gaf hij een beperkte periode voor de 'ketters' om opnieuw te bekeren. De Lutherse leden van het Dieet vertrokken, in een stemming die historici hebben beschreven als zowel walging als vervreemding.
In een directe reactie op de gebeurtenissen in Augsburg hebben twee vooraanstaande Lutherse prinsen, Landgraaf Philip van Hessen en keurvorst Johannes van Saksen, in december 1530 een bijeenkomst georganiseerd in Schmalkalden. Hier, in 1531, kwamen acht vorsten en elf steden overeen een defensieve competitie: als één lid werd aangevallen vanwege hun religie, zouden alle anderen zich verenigen en ondersteunen. De bekentenis van Augsburg moest worden opgevat als hun geloofsverklaring en er werd een charter opgesteld. Bovendien werd een verplichting vastgelegd om troepen te leveren, met een aanzienlijke militaire last van 10.000 infanterie en 2.000 cavaleristen die over de leden werden verdeeld.
Het creëren van competities was gebruikelijk in het vroegmoderne Heilige Roomse Rijk, vooral tijdens de Reformatie. De Liga van Torgau was gevormd door Lutheranen in 1526 om zich tegen het Edict van Worms te verzetten, en de 1520s zagen ook de Liga's van Speyer, Dessau en Regensburg; de laatste twee waren katholiek. De Schmalkaldische Liga omvatte echter een groot militair onderdeel en voor het eerst leek een krachtige groep prinsen en steden beide openlijk uitdagend voor de keizer en klaar om hem te bestrijden.
Sommige historici hebben beweerd dat de gebeurtenissen van 1530-31 een gewapend conflict tussen de Liga en de keizer onvermijdelijk maakten, maar dit is misschien niet het geval. De Lutherse prinsen hadden nog steeds respect voor hun keizer en velen waren terughoudend om aan te vallen; inderdaad, de stad Neurenberg, die buiten de Liga bleef, in tegenstelling tot hem helemaal uit te dagen. Evenzo waren veel katholieke gebieden niet blij om een situatie aan te moedigen waarin de keizer hun rechten kon beperken of tegen hen kon marcheren, en een succesvolle aanval op de Lutheranen kon een ongewenst precedent vestigen. Uiteindelijk wilde Charles nog steeds over een compromis onderhandelen.
Dit zijn echter kritiekpunten, omdat een groot Ottomaans leger de situatie heeft veranderd. Charles had al grote delen van Hongarije aan hen verloren, en hernieuwde aanvallen in het oosten brachten de keizer ertoe een religieus bestand met de Lutheranen af te leggen: de 'Vrede van Neurenberg'. Dit annuleerde bepaalde rechtszaken en verhinderde dat enige actie tegen de protestanten werd ondernomen totdat een algemene kerkraad bijeen was gekomen, maar er geen datum werd gegeven; de Lutheranen konden doorgaan, evenals hun militaire steun. Dit zette de toon voor nog eens vijftien jaar, toen de Ottomaanse - en later Franse - druk Charles dwong een reeks wapenstilstanden af te wisselen, afgewisseld met verklaringen van ketterij. De situatie werd er een van intolerante theorie, maar tolerante praktijk. Zonder enige verenigde of gerichte katholieke oppositie kon de Schmalkaldische Liga aan de macht groeien.
Een vroege Schmalkaldische triomf was de restauratie van hertog Ulrich. Een vriend van Filips van Hessen, Ulrich was in 1919 uit zijn hertogdom Württemberg verdreven: zijn verovering van een voorheen onafhankelijke stad zorgde ervoor dat de machtige Zwabische Liga hem binnenviel en uitdreef. Het hertogdom was sindsdien verkocht aan Charles, en de Liga gebruikte een combinatie van Beierse steun en imperiale behoefte om de keizer te dwingen in te stemmen. Dit werd gezien als een grote overwinning onder de Lutherse gebieden, en het aantal van de Liga groeide. Hesse en zijn bondgenoten streefden ook naar buitenlandse steun en vormden relaties met de Fransen, Engelsen en Deens, die allemaal verschillende vormen van hulp beloofden. Cruciaal is dat de Liga dit deed met behoud van, tenminste een illusie van, hun loyaliteit aan de keizer.
De Liga trad op om steden en individuen te ondersteunen die zich wilden bekeren tot Lutherse overtuigingen en alle pogingen om ze te beteugelen lastig wilden vallen. Ze waren af en toe proactief: in 1542 viel een leger van de Liga het hertogdom Brunswick-Wolfenbüttel aan, het resterende katholieke hart in het noorden, en verdreef zijn hertog Henry. Hoewel deze actie een wapenstilstand verbrak tussen de Liga en de keizer, was Charles te verwikkeld in een nieuw conflict met Frankrijk en zijn broer met problemen in Hongarije om te reageren. Tegen 1545 was het hele noordelijke rijk Lutheran en het aantal groeide in het zuiden. Hoewel de Schmalkaldische Liga nooit alle Lutherse gebieden omvatte - veel steden en prinsen bleven gescheiden - vormde het wel een kern onder hen.
De achteruitgang van de competitie begon in de vroege 1540s. Filips van Hessen werd geopenbaard als een bigamist, een misdaad die kan worden bestraft met de dood volgens de wettelijke code van het rijk van 1532. Uit angst voor zijn leven zocht Philip een imperiaal pardon, en toen Charles ermee instemde, werd de politieke kracht van Philip verbrijzeld; de competitie verloor een belangrijke leider. Bovendien drong Charles opnieuw toe op een oplossing. De Ottomaanse dreiging ging door en bijna heel Hongarije was verloren; Charles had de macht nodig die alleen een verenigd rijk zou brengen. Misschien nog belangrijker, de enorme omvang van de lutherse bekeringen vereiste keizerlijke actie - drie van de zeven kiezers waren nu protestants en een andere, de aartsbisschop van Keulen, leek te weifelen. De mogelijkheid van een Luthers rijk, en misschien zelfs een protestantse (hoewel ongekroonde) keizer, groeide.
Charles's benadering van de competitie was ook veranderd. Het falen van zijn veelvuldige onderhandelingspogingen, hoewel de 'fout' van beide partijen, had de situatie duidelijk gemaakt - alleen oorlog of tolerantie zou werken en deze laatste was verre van ideaal. De keizer begon bondgenoten te zoeken onder de Lutherse prinsen, hun seculiere verschillen te exploiteren, en zijn twee grootste staatsgrepen waren Maurice, de hertog van Saksen, en Albert, hertog van Beieren. Maurice haatte zijn neef John, die zowel de keurvorst van Saksen was als een vooraanstaand lid van de Schmalkaldic League; Charles beloofde alle landen en titels van John als beloning. Albert werd overtuigd door een aanbod van huwelijk: zijn oudste zoon voor de nicht van de keizer. Charles werkte ook om de buitenlandse steun van de Liga te beëindigen, en in 1544 tekende hij de Vrede van Crèpy met Francis I, waarbij de Franse koning ermee instemde zich niet te verenigen met protestanten uit het rijk. Dit omvatte de Schmalkaldic League.
In 1546 profiteerde Charles van een wapenstilstand met de Ottomanen en verzamelde een leger dat troepen uit het hele rijk trok. De paus stuurde ook steun, in de vorm van een kracht onder leiding van zijn kleinzoon. Hoewel de League snel bijeenkwam, was er weinig poging om een van de kleinere eenheden te verslaan voordat ze zich onder Charles hadden verenigd. Inderdaad, historici beschouwen deze besluiteloze activiteit vaak als bewijs dat de Liga een zwak en ineffectief leiderschap had. Zeker, veel leden wantrouwden elkaar en verschillende steden discussieerden over hun troepentoezeggingen. De enige echte eenheid van de Liga was het Lutherse geloof, maar ze liepen hierin zelfs uiteen; bovendien hadden de steden de voorkeur aan eenvoudige verdediging, sommige vorsten wilden aanvallen.
De Schmalkaldische oorlog werd gevochten tussen 1546-47. De Liga heeft misschien meer troepen gehad, maar ze waren ongeorganiseerd en Maurice verdeelde hun troepen effectief toen zijn invasie in Saksen John wegtrok. Uiteindelijk werd de League gemakkelijk verslagen door Charles tijdens de slag om Mühlberg, waar hij het Schmalkaldische leger verpletterde en veel van zijn leiders veroverde. John en Philip van Hessen werden gevangengezet, de keizer ontdeed 28 steden van hun onafhankelijke grondwet en de Liga was afgelopen.
Natuurlijk vertaalt overwinning op het slagveld zich niet direct in succes elders en verloor Charles snel de controle. Veel van de veroverde gebieden weigerden opnieuw te bekeren, de pauselijke legers trokken zich terug naar Rome en de Lutheraanse allianties van de keizer vielen snel uiteen. De Schmalkaldische Liga is misschien krachtig geweest, maar het was nooit het enige protestantse lichaam in het rijk, en Charles 'nieuwe poging tot religieus compromis, de Augsburg Interim, was beide partijen enorm misnoegd. De problemen van de vroege 1530s kwamen terug, met sommige katholieken die de Lutheranen niet wilden verpletteren voor het geval de keizer te veel macht zou krijgen. In de jaren 1551-52 werd een nieuwe Protestantse Liga gecreëerd, waaronder Maurice van Saksen; dit verving zijn Schmalkaldische voorganger als beschermer van de Lutherse gebieden en droeg bij tot de keizerlijke acceptatie van het Lutheranisme in 1555.
1517 - Luther begint een debat over zijn 95 stellingen.
1521 - Het Edict of Worms verbiedt Luther en zijn ideeën uit het rijk.
1530 - Juni - Het dieet van Augsburg wordt gehouden en de keizer verwerpt de Lutherse 'bekentenis'.
1530 - December - Filips van Hessen en Johannes van Saksen roepen een bijeenkomst van Lutheranen op in Schmalkalden.
1531 - De Schmalkaldic League wordt gevormd door een kleine groep Lutherse prinsen en steden, om zich te verdedigen tegen aanvallen op hun religie.
1532 - Externe druk dwingt de keizer om de 'Vrede van Neurenberg' te decreet. Lutheranen moeten tijdelijk worden getolereerd.
1534 - Restauratie van hertog Ulrich aan zijn hertogdom door de Liga.
1541 - Filips van Hessen krijgt een imperiaal pardon voor zijn bigamie en neutraliseert hem als politieke macht. De Colloquy van Regensburg wordt geroepen door Charles, maar onderhandelingen tussen Lutherse en katholieke theologen bereiken geen compromis.
1542 - De Liga valt het hertogdom Brunswick-Wolfenbüttel aan en verdrijft de katholieke hertog.
1544 - Peace of Crèpy getekend tussen het rijk en Frankrijk; de competitie verliest hun Franse steun.
1546 - De Schmalkaldische oorlog begint.
1547 - De competitie wordt verslagen in de Slag om Mühlberg en de leiders worden gevangen genomen.
1548 - Charles veroordeelt de Augsburg Interim als een compromis; het faalt.
1551/2 - De Protestantse Liga is opgericht om de Lutherse gebieden te verdedigen.