In 1798 bereikte de Franse Revolutionaire Oorlog in Europa een tijdelijke pauze, met de troepen van revolutionair Frankrijk en hun vijanden in vrede. Alleen Groot-Brittannië bleef in oorlog. De Fransen wilden nog steeds hun positie veiligstellen en wilden Groot-Brittannië uitschakelen. Ondanks het feit dat Napoleon Bonaparte, de held van Italië, een commando kreeg toegewezen om zich voor te bereiden op een invasie in Groot-Brittannië, was het voor iedereen duidelijk dat zo'n avontuur nooit zou slagen: de Koninklijke Marine van Groot-Brittannië was te sterk om een werkbaar strandhoofd toe te staan.
Napoleon droomde al lang van gevechten in het Midden-Oosten en Azië, en hij formuleerde een plan om terug te slaan door Egypte aan te vallen. Een verovering hier zou de Franse greep op het oostelijke Middellandse Zeegebied veiligstellen en voor Napoleon een route openen om Groot-Brittannië in India aan te vallen. De Directory, het vijfkoppige lichaam dat over Frankrijk regeerde, wilde Napoleon even graag zijn geluk beproeven in Egypte, omdat het hem ervan zou weerhouden hen toe te eigenen en zijn troepen iets te doen zou geven buiten Frankrijk. Er was ook een kleine kans dat hij de wonderen van Italië zou herhalen. Bijgevolg zeilden Napoleon, een vloot en een leger in mei vanuit Toulon; hij had meer dan 250 transporten en 13 'schepen van de lijn'. Nadat ze onderweg Malta hadden veroverd, landden 40.000 Fransen op 1 juli in Egypte. Ze veroverden Alexandrië en marcheerden naar Caïro. Egypte was een denkbeeldig onderdeel van het Ottomaanse rijk, maar het stond onder de praktische controle van het leger van Mameluke.
De troepen van Napoleon hadden meer dan alleen troepen. Hij had een leger van civiele wetenschappers meegebracht die het Instituut van Egypte in Caïro moesten oprichten, om beiden te leren van het oosten en het te 'beschaven'. Voor sommige historici begon de wetenschap van de Egyptologie serieus met de invasie. Napoleon beweerde dat hij er was om de islam en de Egyptische belangen te verdedigen, maar hij werd niet geloofd en rebellies begonnen.
Egypte wordt misschien niet gecontroleerd door de Britten, maar de Mameluke-heersers waren niet gelukkiger Napoleon te zien. Een Egyptisch leger marcheerde om de Fransen te ontmoeten en botste tijdens de Slag om de Piramides op 21 juli. Een strijd van militaire tijdperken, het was een duidelijke overwinning voor Napoleon en Caïro was bezet. Een nieuwe regering werd geïnstalleerd door Napoleon, die een einde maakte aan 'feodalisme', lijfeigenschap en Franse structuren importeerde.
Napoleon kon echter niet bevel voeren op zee en op 1 augustus werd de Slag om de Nijl gevochten. De Britse marinecommandant Nelson was gestuurd om de landing van Napoleon te stoppen en had hem gemist tijdens de bevoorrading, maar vond uiteindelijk de Franse vloot en greep de kans aan om aan te vallen terwijl deze in de baai van Aboukir werd aangemeerd om voorraden aan te nemen, en kreeg nog meer verrassing door aan te vallen in de avond , tot in de nacht, en vroeg in de ochtend: slechts twee schepen van de linie ontsnapten (ze werden later gezonken), en de toevoerlijn van Napoleon was opgehouden te bestaan. Bij de Nijl vernietigde Nelson elf schepen van de lijn, wat neerkwam op een zesde van die in de Franse marine, waaronder een aantal zeer nieuwe en grote schepen. Het zou jaren duren om ze te vervangen en dit was de cruciale strijd van de campagne. Napoleons positie verzwakte plotseling, de rebellen die hij had aangemoedigd keerden zich tegen hem. Acerra en Meyer hebben betoogd dat dit de bepalende strijd van de Napoleontische oorlogen was, die nog niet was begonnen.
Napoleon kon zijn leger niet eens meenemen naar Frankrijk en met vijandelijke troepen marcheerde Napoleon met een klein leger naar Syrië. Het doel was om het Ottomaanse rijk los te prijzen van hun alliantie met Groot-Brittannië. Na het nemen van Jaffa - waar drieduizend gevangenen werden geëxecuteerd - belegerde hij Acre, maar dit hield stand, ondanks de nederlaag van een hulpleger gestuurd door de Ottomanen. De pest verwoestte de Fransen en Napoleon werd gedwongen terug te keren naar Egypte. Hij leed bijna een tegenslag toen Ottomaanse troepen met Britse en Russische schepen 20.000 mensen in Aboukir landden, maar hij bewoog snel om aan te vallen voordat de cavalerie, artillerie en elites waren geland en hen hadden gerouteerd.
Napoleon nam nu een beslissing die hem in de ogen van veel critici heeft verdoemd: het realiseren van de politieke situatie in Frankrijk was rijp voor verandering, zowel voor hem als tegen hem, en geloofde dat alleen hij de situatie kon redden, zijn positie kon redden en het bevel kon voeren van het hele land verliet Napoleon zijn leger en keerde terug naar Frankrijk in een schip dat de Britten moest ontwijken. Hij zou spoedig de macht grijpen in een staatsgreep.
Generaal Kleber bleef achter om het Franse leger te leiden en hij ondertekende de Conventie van El Arish met de Ottomanen. Dit had hem in staat moeten stellen het Franse leger terug te trekken naar Frankrijk, maar de Britten weigerden, dus viel Kleber aan en hernam Caïro. Hij werd enkele weken later vermoord. De Britten besloten nu troepen te sturen en een leger onder Abercromby landde in Aboukir. De Britten en Fransen vochten kort daarna in Alexandrië, en terwijl Abercromby werd gedood, werden de Fransen geslagen, gedwongen weg te vluchten uit Caïro en zich over te geven. Een andere binnenvallende Britse troepenmacht werd georganiseerd in India om aan te vallen via de Rode Zee.
De Britten lieten de Franse troepen nu terugkeren naar Frankrijk en gevangenen in Groot-Brittannië werden na een deal in 1802 teruggestuurd..