Op 16 september 1810 gaf pater Miguel Hidalgo, pastoor van de stad Dolores, de beroemde 'Grito de la Dolores' of 'Shout of Dolores' uit. Al snel stond hij aan het hoofd van een enorme, onhandelbare menigte boeren en indianen gewapend met machetes en knuppels. Jaren van verwaarlozing en hoge belastingen door de Spaanse autoriteiten hadden de bevolking van Mexico klaar gemaakt voor bloed. Samen met mede-samenzweerder Ignacio Allende leidde Hidalgo zijn menigte door de steden San Miguel en Celaya voordat ze hun zinnen zetten op de grootste stad in het gebied: de mijnstad Guanajuato.
Hidalgo had zijn soldaten toegestaan de huizen van Spanjaarden in de stad San Miguel te plunderen en de rangen van zijn leger zwol op van potentiële plunderaars. Toen ze Celaya passeerden, verwisselde het lokale regiment, voornamelijk bestaande uit Creoolse officieren en soldaten, van partij en voegde zich bij de rebellen. Noch Allende, die een militaire achtergrond had, noch Hidalgo kon de boze menigte die hen volgde volledig beheersen. Het rebellenleger dat op 28 september op Guanajuato neerkwam, was een woedende massa van woede, wraak en hebzucht, variërend van 20.000 tot 50.000 volgens ooggetuigenverslagen.
De intendant van Guanajuato, Juan Antonio Riaño, was een oude persoonlijke vriend van Hidalgo. Hidalgo stuurde zelfs zijn oude vriend een brief en bood aan zijn gezin te beschermen. Riaño en de royalistische troepen in Guanajuato besloten te vechten. Ze kozen voor de grote, fortachtige openbare graanschuur (Alhóndiga de Granaditas) om op te komen: alle Spanjaarden brachten hun families en rijkdom naar binnen en versterkten het gebouw zo goed als ze konden. Riaño was zelfverzekerd: hij geloofde dat het gepeupel dat op Guanajuato marcheerde snel zou worden verspreid door georganiseerd verzet.
Hidalgo's horde arriveerde op 28 september en werd snel vergezeld door vele mijnwerkers en arbeiders van Guanajuato. Ze belegerden de graanschuur, waar royalistische officieren en Spanjaarden vochten voor hun leven en dat van hun families. De aanvallers vielen aan en masse, zware slachtoffers maken. Hidalgo beval een aantal van zijn mannen naar daken in de buurt, waar ze stenen naar de verdedigers en op het dak van de graanschuur gooiden, die uiteindelijk onder het gewicht instortte. Er waren slechts ongeveer 400 verdedigers, en hoewel ze werden ingegraven, konden ze niet tegen zulke kansen winnen.
Terwijl hij enkele versterkingen regisseerde, werd Riaño direct neergeschoten en gedood. Zijn bevelhebber, de stadsassessor, beval de mannen een witte vlag van overgave op te lopen. Terwijl de aanvallers binnenvielen om gevangenen te nemen, bestelde de rangorde militaire officier in de compound, majoor Diego Berzábal, het bevel om zich over te geven en de soldaten openden het vuur op de naderende aanvallers. De aanvallers dachten dat de 'overgave' een list was en verdubbelden woedend hun aanvallen.
Volgens de lokale legende had de strijd een zeer onwaarschijnlijke held: een lokale mijnwerker met de bijnaam "Pípila", wat een kippenkalkoen is. Pípila verdiende zijn naam vanwege zijn gang. Hij werd misvormd geboren en anderen dachten dat hij als een kalkoen liep. Pípila werd vaak belachelijk gemaakt voor zijn misvorming en werd een held toen hij een grote, platte steen op zijn rug bond en zich met een teer en een fakkel naar de grote houten deur van de graanschuur begaf. De steen beschermde hem toen hij de teer op de deur zette en in brand stak. Het duurde niet lang of de deur brandde door en de aanvallers konden naar binnen.
De belegering en aanval van de versterkte graanschuur kostte de massale aanvallende horde slechts ongeveer vijf uur. Na de aflevering van de witte vlag werd geen kwart aangeboden aan de verdedigers binnenin, die allemaal werden afgeslacht. Vrouwen en kinderen werden soms gespaard, maar niet altijd. Het leger van Hidalgo ging op een plunderende rooftocht in Guanajuato en plunderde zowel de huizen van Spanjaarden als creolen. Het plunderen was verschrikkelijk, omdat alles wat niet was genageld werd gestolen. Het laatste dodental was ongeveer 3.000 opstandelingen en alle 400 verdedigers van de graanschuur.
Hidalgo en zijn leger brachten enkele dagen door in Guanajuato, waar ze de strijders organiseerden in regimenten en proclamaties uitgingen. Ze marcheerden uit op 8 oktober, op weg naar Valladolid (nu Morelia).
Het beleg van Guanajuato markeerde het begin van ernstige verschillen tussen de twee leiders van de opstand, Allende en Hidalgo. Allende was verbijsterd over de bloedbaden, plunderingen en plunderingen die hij tijdens en na de strijd zag: hij wilde het gepeupel uitroeien, een coherent leger van de rest maken en een 'eervolle' oorlog voeren. Hidalgo daarentegen moedigde de plundering aan en beschouwde het als een terugverdientijd voor jaren onrecht door de Spanjaarden. Hidalgo wees er ook op dat zonder het vooruitzicht van plundering, veel strijders zouden verdwijnen.
Wat betreft de strijd zelf, deze was verloren op het moment dat Riaño de Spanjaarden en rijkste creolen opsloot in de 'veiligheid' van de graanschuur. De normale inwoners van Guanajuato voelden zich (terecht) verraden en verlaten en stonden snel aan de kant van de aanvallers. Bovendien waren de meeste aanvallende boeren slechts geïnteresseerd in twee dingen: Spanjaarden doden en plunderen. Door alle Spanjaarden en alle buit in één gebouw te concentreren, maakte Riaño het onvermijdelijk dat het gebouw zou worden aangevallen en allemaal binnen afgeslacht. Wat Pípila betreft, hij heeft de strijd overleefd en vandaag staat er een standbeeld van hem in Guanajuato.
Het bericht van de gruwelen van Guanajuato verspreidde zich al snel in Mexico. De autoriteiten in Mexico-Stad realiseerden zich al snel dat ze een grote opstand in handen hadden en begonnen zijn verdediging te organiseren, die opnieuw zou botsen met Hidalgo op Monte de las Cruces.
Guanajuato was ook belangrijk omdat het vele rijke creolen vervreemdde van de opstand: ze zouden er pas veel later bij komen. Creoolse huizen, evenals Spaanse, werden vernietigd in de moedwillige plunderingen, en veel Creoolse families hadden zonen of dochters getrouwd met Spanjaarden. Deze eerste veldslagen van Mexicaanse onafhankelijkheid werden gezien als een klassenoorlog, niet als een Creools alternatief voor Spaans bestuur.