In 1533 koloniseerde Francisco Pizarro, een Spaanse conquistador, Peru om de macht te verwerven en het land te verwesteren, waardoor de dynamiek van het land volledig veranderde. Peru bleef gedecimeerd omdat de Spanjaarden ziekten met hen kochten, waarbij meer dan 90% van de Inca-bevolking werd gedood.
De Inca's arriveerden in 1200 CE, een inheemse groep jagers en verzamelaars, bestaande uit Ayllus, een groep families bestuurd door een Chief, genaamd 'Curaca'. De meeste Inca's woonden niet in steden, omdat deze werden gebruikt voor overheidsdoeleinden, alleen bezoeken voor zaken of voor religieuze festivals omdat ze extreem religieus waren. De economie van de Inca kan als welvarend worden beschouwd, omdat Peru mijnen bevatte die luxe zoals goud en zilver produceerden en ze op dit moment een van de krachtigste legers hadden, met behulp van talloze wapens en elke man die in staat was tot militaire dienst.
De Spanjaarden veroverden Peru, met als doel het land te verwesteren en de dynamiek van het land volledig te veranderen, vergelijkbaar met de bedoelingen van de andere koloniale machten tijdens het tijdperk van verkenning en kolonisatie. In 1527 zag een andere Spaanse ontdekkingsreiziger die een Spaans schip bestuurde, een vlot met 20 Inca's aan boord, verbaasd over het ontdekken van talloze luxe, waaronder goud en zilver. Hij trainde drie van de Inca's als tolken omdat hij zijn bevindingen wilde melden, dit leidde tot de expeditie van Pizarro in 1529.
De Spanjaarden wilden graag verkennen, verleid door het vooruitzicht van een rijk land. Voor sommigen, zoals Pizarro en zijn broers, stelde het hen in staat te ontsnappen uit de verarmde gemeenschap van Extremadura, in West-Spanje. De Spanjaarden wilden bovendien prestige en macht verwerven in Europa, eerder het Azteekse koninkrijk, Mexico veroveren in 1521 en begonnen met het veroveren van Midden-Amerika in 1524.
Tijdens zijn derde expeditie naar Peru veroverde Francisco Pizarro Peru in 1533 na de executie van de laatste Inca-keizer, Atahualpa. Hij was geholpen door een burgeroorlog tussen twee Incan-broers, zonen van een Sapa Inca. Pizarro werd vermoord in 1541 toen 'Almagro' tot nieuwe Peruaanse gouverneur werd benoemd. Op 28 juli 1821 werd Peru onafhankelijk van de koloniale overheersing, nadat een Argentijnse soldaat, genaamd San Martin, de Spanjaarden in Peru veroverde.
Spaanse kolonisatie leidde ertoe dat Spaans de belangrijkste taal in Peru werd. De Spanjaarden veranderden de demografie van het land en lieten hun sporen na, het Spaanse 'wapen' blijft bijvoorbeeld nog steeds een symbool voor Peru nadat het in 1537 door de Spaanse koning Karel 1 was gegeven..
De Spanjaarden brachten ziekten met zich mee, waarbij talloze Inca's werden gedood, waaronder de Inca-keizer. De Inca's vingen malaria, mazelen en pokken omdat ze geen natuurlijke immuniteit hadden. N. D. Cook (1981) toonde aan dat Peru een bevolkingsafname van 93% ondervond als gevolg van Spaanse kolonisatie. Incas gaf echter in ruil daarvoor syfilis door aan de Spanjaarden. De ziekten doodden grote hoeveelheden van de Incapopulatie; meer Inca's geverfd door ziekten dan op het slagveld.
De Spanjaarden bereikten ook hun doel om het katholicisme in Peru te verspreiden, met ongeveer vier vijfde van de huidige bevolking van Peru als rooms-katholiek. Het onderwijssysteem van Peru omvat nu de hele bevolking, anders dan zich te concentreren op de heersende klasse tijdens het koloniale bewind. Hiervan profiteerde Peru enorm, nu met een geletterdheidspercentage van 90%, in tegenstelling tot de analfabeten en arme Inca's tijdens de Spaanse overheersing, dus niet in staat om als land verder te komen.
Over het algemeen zijn de Spanjaarden erin geslaagd om de demografie van Peru volledig te veranderen. Ze dwongen de katholieke religie op Inca's, bleven vandaag hetzelfde en houden Spaans als de hoofdtaal. Ze doodden enorme hoeveelheden van de Inca-bevolking als gevolg van ziekten uit Europa, vernietigden de Inca-bevolking en gebruikten raciale spanning om een hiërarchisch systeem te creëren met de Inca's onderaan. De Spanjaarden hadden ook grote invloed op Peru toen ze het zijn naam gaven, voortkomend uit een misverstand van de Indiase naam 'rivier'.