John Alexander McClernand werd geboren op 30 mei 1812, nabij Hardinsburg, KY. Hij verhuisde op jonge leeftijd naar Illinois en werd opgeleid in lokale dorpsscholen en thuis. McClernand koos eerst voor een agrarische carrière en koos later voor een advocaat. Grotendeels autodidact, slaagde hij voor het barsexamen in Illinois in 1832. Later dat jaar ontving McClernand zijn eerste militaire training toen hij als privé diende tijdens de Black Hawk War. Een vrome democraat, richtte hij een krant op, de Shawneetown-democraat, in 1835 en het jaar daarop werd hij gekozen in het Illinois House of Representatives. Zijn eerste termijn duurde slechts een jaar, maar hij keerde terug naar Springfield in 1840. McClernand, een effectieve politicus, werd drie jaar later gekozen in het Amerikaanse Congres.
Tijdens zijn tijd in Washington verzette McClernand zich gewelddadig tegen de passage van de Wilmot Proviso, die de slavernij in het tijdens de Mexicaans-Amerikaanse oorlog verworven gebied zou hebben verboden. Een anti-abolitionist en trouwe bondgenoot van senator Stephen Douglas, hielp hij zijn mentor bij het passeren van het compromis van 1850. Hoewel McClernand het congres in 1851 verliet, keerde hij terug in 1859 om de vacature te vervullen die werd veroorzaakt door de dood van vertegenwoordiger Thomas L. Harris. Met toenemende spanningen in de sectie werd hij een stevige Unionist en werkte hij aan de zaak van Douglas tijdens de verkiezingen van 1860. Nadat Abraham Lincoln in november 1860 werd gekozen, begonnen zuidelijke staten de Unie te verlaten. Met het begin van de burgeroorlog in april daaropvolgend, begon McClernand inspanningen om een brigade van vrijwilligers op te richten voor operaties tegen de Confederatie. Lager om een brede basis van steun voor de oorlog te handhaven, benoemde Lincoln de Democratische McClernand een brigadegeneraal van vrijwilligers op 17 mei 1861.
Toegewezen aan het district van Zuidoost-Missouri, vochten McClernand en zijn mannen voor het eerst een gevecht als onderdeel van Brigadegeneraal Ulysses S. Grant's kleine leger in de Slag om Belmont in november 1861. Hij bombardeerde Grant snel en bombastisch. Naarmate het commando van Grant werd uitgebreid, werd McClernand divisiecommandant. In deze rol nam hij deel aan de verovering van Fort Henry en Battle of Fort Donelson in februari 1862. Bij deze laatste opdracht hield de divisie van McClernand de Union recht maar verzuimde haar flank te verankeren aan de rivier de Cumberland of een ander sterk punt. Aangevallen op 15 februari, werden zijn mannen bijna twee mijl teruggedreven voordat de strijdkrachten van de Unie de linie stabiliseerden. Grant redde de situatie en viel snel tegen en verhinderde dat het garnizoen kon ontsnappen. Ondanks zijn fout bij Fort Donelson ontving McClernand op 21 maart een promotie tot majoor-generaal.
De divisie van McClernand bleef achter bij Grant en werd op 6 april zwaar aangevallen in de Slag om Shiloh. Hij hielp de Unielijn vast te houden en nam de volgende dag deel aan de tegenaanval van de Unie die generaal P.G.T. versloeg. Beauregards leger van de Mississippi. McClernand, een constante criticus van Grant's acties, bracht een groot deel van het midden van 1862 door met politiek manoeuvreren met het doel om majoor-generaal George B. McClellan in het oosten te verplaatsen of zijn eigen commando in het westen te verkrijgen. Nadat hij in oktober verlof van zijn divisie had gekregen, reisde hij naar Washington om Lincoln rechtstreeks te lobbyen. Omdat hij een democraat in een hoge militaire positie wilde behouden, gaf Lincoln uiteindelijk het verzoek van McClernand en gaf minister van oorlog Edwin Stanton hem toestemming troepen op te richten in Illinois, Indiana en Iowa voor een expeditie tegen Vicksburg, MS. Een belangrijke locatie aan de rivier de Mississippi, Vicksburg was het laatste obstakel voor de controle van de waterweg door de Unie.
Hoewel de troepenmacht van McClernand aanvankelijk alleen rapporteerde aan de algemene generaal-majoor Henry W. Halleck, begonnen de inspanningen snel om de macht van de politieke generaal te beperken. Dit resulteerde uiteindelijk in bevelen voor hem om het bevel te voeren over een nieuw korps dat uit zijn huidige strijdmacht zou worden gevormd zodra hij zich verenigde met Grant die al tegen Vicksburg opereerde. Totdat McClernand een afspraak maakte met Grant, zou hij een onafhankelijk commando blijven. Toen hij in december de Mississippi afliep, ontmoette hij het korps van generaal-majoor William T. Sherman dat na zijn nederlaag in Chickasaw Bayou naar het noorden terugkeerde. De senior generaal, McClernand voegde het korps van Sherman toe aan zijn eigen leger en duwde naar het zuiden, geholpen door Union gunboats onder leiding van schout-bij-nacht David D. Porter. Onderweg kwam hij erachter dat een Union-stoomboot was veroverd door Zuidelijke troepen en naar Arkansas Post (Fort Hindeman) aan de Arkansas River was gebracht. McClernand reed op advies van Sherman de hele expeditie om en voer de rivier op en landde zijn troepen op 10 januari. Aanvallenend de volgende dag, droegen zijn troepen het fort in de Slag om Arkansas Post.
Deze afleiding van de inspanning tegen Vicksburg maakte Grant erg boos, die operaties in Arkansas als een afleiding zag. Onbewust dat Sherman de aanval had voorgesteld, klaagde hij luid tegen Halleck over McClernand. Als gevolg hiervan werden orders uitgegeven waardoor Grant de volledige controle over de troepen van de Unie in het gebied kon nemen. Grant verenigde zijn troepen en verplaatste McClernand in commando van het nieuw gevormde XIII Corps. McClernand, openlijk verontwaardigd over Grant, bracht een groot deel van de winter en de lente door met het verspreiden van geruchten over het vermeende drinken en gedrag van zijn superieur. Daarbij verdiende hij de vijandschap van andere senior leiders zoals Sherman en Porter die hem als ongeschikt voor korpscommando zagen. Eind april koos Grant ervoor om zich los te maken van zijn aanvoerlijnen en de Mississippi ten zuiden van Vicksburg over te steken. Landend op Bruinsburg op 29 april, duwden de troepen van de Unie het oosten in de richting van Jackson, MS.
Zich wendend tot Vicksburg, was XIII Corps verloofd in de Slag om Champion Hill op 16 mei. Hoewel een overwinning, geloofde Grant dat de prestaties van McClernand tijdens de strijd ontbraken omdat hij verzuimd had het gevecht aan te gaan. De volgende dag viel XIII Corps Zuidelijke troepen aan en versloeg ze bij de Battle of Big Black River Bridge. Verslagen trokken Zuidelijke troepen zich terug in de verdediging van Vicksburg. Grant achtervolgde achtereenvolgende mislukte aanvallen op de stad op 19 mei. Hij pauzeerde drie dagen en hernieuwde zijn inspanningen op 22 mei. Aanvallend langs de hele Vicksburg-vestingwerken, trokken Union-troepen weinig vooruitgang. Alleen aan het front van McClernand werd voet aan de grond in de 2e Texas Lunette. Toen zijn aanvankelijke verzoek om versterkingen werd afgewezen, stuurde hij Grant een misleidend bericht dat hij twee geconfedereerde forten had genomen en dat een nieuwe push de dag zou kunnen winnen. Grant stuurde McClernand extra mannen en hernieuwde met tegenzin zijn inspanningen elders. Toen alle inspanningen van de Unie mislukten, gaf Grant McClernand de schuld en citeerde hij zijn eerdere mededelingen.
Met het falen van de aanslagen van 22 mei begon Grant een belegering van de stad. In de nasleep van de aanslagen bracht McClernand een felicitatieboodschap uit aan zijn mannen voor hun inspanningen. De taal die in het bericht werd gebruikt, maakte Sherman en majoor-generaal James B. McPherson voldoende boos dat ze klachten hadden ingediend bij Grant. Het bericht werd ook afgedrukt in noordelijke kranten, wat in strijd was met het beleid van het oorlogsdepartement en de eigen orders van Grant. Omdat hij voortdurend geërgerd was door het gedrag en de prestaties van McClernand, gaf deze schending van het protocol Grant de hefboom om de politieke generaal te verwijderen. Op 19 juni werd McClernand officieel afgelost en werd het bevel over XIII Corps overgedragen aan generaal-majoor Edward O. C. Ord.
Hoewel Lincoln de beslissing van Grant steunde, bleef hij zich bewust van het belang van het handhaven van de steun van de oorlogsdemocraten in Illinois. Als gevolg hiervan werd McClernand op 20 februari 1864 teruggebracht naar het bevel van het XIII-korps. Hij diende in het departement van de Golf, vocht tegen ziekten en nam niet deel aan de Red River-campagne. Hij bleef een groot deel van het jaar in de Golf en nam ontslag uit het leger vanwege gezondheidsproblemen op 30 november 1864. Na de moord op Lincoln het jaar daarop speelde McClernand een zichtbare rol in de begrafenisprocedure van de overleden president. In 1870 werd hij verkozen tot rechter van het district Sangamon in Illinois en bleef drie jaar in de functie voordat hij zijn advocatenpraktijk hervatte. Nog steeds prominent aanwezig in de politiek, was McClernand voorzitter van de Democratische Nationale Conventie van 1876. Hij stierf later op 20 september 1900 in Springfield, IL en werd begraven op de Oak Ridge Cemetery van de stad.