In juli 1793 was de revolutie op zijn laagste punt. Vijandelijke troepen rukten op over Frans grondgebied, Britse schepen zweefden in de buurt van Franse havens in de hoop zich aan te sluiten bij rebellen, de Vendée was een gebied van open opstand geworden en federalistische opstanden waren frequent. Parijzenaren waren bezorgd dat Charlotte Corday, de moordenaar van Marat, slechts een van de duizenden provinciale rebellen was die in de hoofdstad opereerden en klaar stonden om de leiders van de revolutie in groten getale neer te slaan. Ondertussen begonnen de machtsstrijd tussen sansculottes en hun vijanden in veel delen van Parijs uit te barsten. Het hele land ontvouwde zich in een burgeroorlog.
Het werd nog erger voordat het beter werd. Terwijl veel van de Federalistische opstanden instortten onder zowel lokale druk - voedseltekorten, angst voor represailles, terughoudend om ver te marcheren - en de acties van afgevaardigden van de conventie die op missie werden gestuurd, accepteerde Toulon op 27 augustus 1793 een aanbod van bescherming tegen een Britse vloot die offshore had gevaren, zich ten gunste van het kind Louis VII had uitgesproken en de Britten in de haven had verwelkomd.
Hoewel het Comité voor openbare veiligheid geen uitvoerende regering was - op 1 augustus 1793, weigerde de Conventie een motie waarin werd opgeroepen om de voorlopige regering te worden; het was het dichtst bij Frankrijk dat de leiding had en het ging de uitdaging aan met volstrekte meedogenloosheid. In de loop van het volgende jaar bracht het comité de middelen van het land bijeen om de vele crises aan te pakken. Het voorzag ook de bloedigste periode van de revolutie: de terreur.
Marat is misschien gedood, maar veel Franse burgers stuurden zijn ideeën nog steeds door, voornamelijk dat alleen het extreme gebruik van de guillotine tegen verraders, verdachten en contrarevolutionairen de problemen van het land zou oplossen. Ze vonden dat terreur noodzakelijk was - geen figuurlijke terreur, geen houding, maar daadwerkelijke regeringsregel door terreur.
De afgevaardigden van de Conventie hebben in toenemende mate gehoor gegeven aan deze oproepen. Er waren klachten over een 'geest van matiging' in de Conventie en een andere reeks prijsverhogingen werd snel toegeschreven aan 'endormers', of 'dozer' (zoals in slaap) afgevaardigden. Op 4 september 1793 werd een demonstratie voor meer lonen en brood snel in het voordeel van degenen die om terreur riepen, en zij keerden op 5 terug om naar de Conventie te marcheren. Chaumette, ondersteund door duizenden sans-culottes, verklaarde dat de Conventie de tekorten moet aanpakken door strikte uitvoering van de wetten.
De Conventie stemde ermee in en stemde bovendien om eindelijk de revolutionaire legers te organiseren die mensen de afgelopen maanden hadden geagiteerd om tegen de hoarders en onpatriottische leden van het platteland te marcheren, hoewel ze het verzoek van Chaumette om de legers vergezeld door guillotines op wielen af te wijzen, afwijzen nog sneller gerechtigheid. Bovendien betoogde Danton dat de wapenproductie moest worden verhoogd totdat elke patriot een musket had en dat het revolutionaire tribunaal moest worden verdeeld om de efficiëntie te vergroten. De sansculottes hadden opnieuw hun wensen op en door de Conventie gedrukt; terreur was nu van kracht.
Op 17 september werd een Wet van Verdachten ingevoerd die het mogelijk maakte om iedereen te arresteren wiens gedrag suggereerde dat ze aanhangers van tirannie of federalisme waren, een wet die gemakkelijk kon worden verdraaid om zo ongeveer iedereen in de natie te beïnvloeden. Terror kan gemakkelijk op iedereen worden toegepast. Er waren ook wetten tegen edelen die allesbehalve ijverig waren geweest in hun steun voor de revolutie. Een maximum werd vastgesteld voor een breed scala aan voedsel en goederen en de Revolutionaire Legers vormden en gingen op zoek naar verraders en verpletterden de opstand. Zelfs spraak werd beïnvloed, waarbij 'burger' de populaire manier werd om naar anderen te verwijzen; het niet gebruiken van de term was een reden voor verdenking.
Meestal wordt vergeten dat de wetten die tijdens de terreur zijn aangenomen verder gingen dan alleen het aanpakken van de verschillende crises. De wet van Bocquier van 19 december 1793 voorzag in een systeem van verplicht en gratis staatsonderwijs voor alle kinderen van 6 - 13 jaar, zij het met een curriculum dat patriottisme benadrukte. Dakloze kinderen werden ook een verantwoordelijkheid van de staat en mensen die buiten het huwelijk geboren werden, kregen volledige erfrechten. Een universeel systeem van metrische gewichten en metingen werd geïntroduceerd op 1 augustus 1793, terwijl een poging werd gedaan om een einde te maken aan armoede door het bezit van 'verdachten' te gebruiken om de armen te helpen.
Het zijn echter de executies waarvoor de Terror zo berucht is, en deze begon met de executie van een factie genaamd de Enrages, die snel werd gevolgd door de voormalige koningin, Marie Antoinette, op 17 oktober en veel van de Girondins op 31 oktober . Ongeveer 16.000 mensen (exclusief sterfgevallen in de Vendée, zie hieronder) gingen naar de guillotine in de komende negen maanden toen de Terror zijn naam eerde en ongeveer hetzelfde stierf ook als gevolg daarvan, meestal in de gevangenis.
In Lyon, dat zich eind 1793 overgaf, besloot de Commissie openbare veiligheid een voorbeeld te stellen en er waren er zoveel te guillotineren dat op 4 en 8 december 1793 mensen massaal werden geëxecuteerd door kanonvuur. Hele delen van de stad werden verwoest en 1880 gedood. In Toulon, dat op 17 december werd heroverd dankzij een kapitein Bonaparte en zijn artillerie, werden 800 neergeschoten en bijna 300 guillotined. Marseille en Bordeaux, die ook capituleerde, ontsnapten relatief licht met 'slechts' honderden geëxecuteerden.
Het tegenoffensief van het Comité voor de openbare veiligheid bracht de terreur diep in het hart van de Vendée. Regeringstroepen begonnen ook veldslagen te winnen, waardoor een terugtocht werd geforceerd die ongeveer 10.000 mensen doodde en 'de blanken' begonnen weg te smelten. De definitieve nederlaag van het leger van de Vendée in Savenay was echter niet het einde, omdat repressie volgde die het gebied verwoestte, landstroken verbrandde en ongeveer een kwart miljoen rebellen afslachtte. In Nantes beval de afgevaardigde op zending, Carrier, de 'schuldigen' vast te maken aan schepen die vervolgens in de rivier tot zinken werden gebracht. Dit waren de 'noyades' en ze doodden minstens 1800 mensen.
De acties van Carrier waren typerend voor het najaar van 1793 toen afgevaardigden op missie het initiatief namen om de Terreur te verspreiden met behulp van revolutionaire legers, die misschien wel 40.000 man zijn geworden. Deze werden normaal gesproken geworven uit de lokale omgeving waarin ze zouden opereren en bestonden meestal uit ambachtslieden uit de steden. Hun lokale kennis was essentieel bij het zoeken naar hoarders en verraders, meestal van het platteland.
Ongeveer een half miljoen mensen zijn in heel Frankrijk gevangengezet en 10.000 zijn misschien zonder proces in de gevangenis gestorven. Veel lynchings vonden ook plaats. Deze vroege fase van de terreur was echter niet, zoals de legende herinnert, gericht op edelen, die slechts 9% van de slachtoffers maakten; geestelijkheid was 7%. De meeste executies vonden plaats in Federalistische gebieden nadat het leger de controle had herwonnen en sommige loyale gebieden grotendeels ongeschonden waren ontsnapt. Het waren normale, gewone mensen, die massa's andere normale, gewone mensen doodden. Het was een burgeroorlog, geen klasse.
Tijdens de Terreur vielen afgevaardigden op missie de symbolen van het katholicisme aan: beelden kapot maken, gebouwen vernielen en gewaden verbranden. Op 7 oktober werd in Rheims de heilige olie van Clovis vernietigd die werd gebruikt om Franse koningen te zalven. Toen een revolutionaire kalender werd geïntroduceerd, die op 22 september 1792 brak met de christelijke kalender (deze nieuwe kalender had twaalf-dertig dagen met drie tien-dagen weken) verhoogden de afgevaardigden hun dechristianisatie, vooral in gebieden waar rebellie had plaatsgevonden neergezet. De Commune van Parijs maakte van dechristianisatie een officieel beleid en aanvallen begonnen in Parijs op religieuze symbolen: Sint werd zelfs verwijderd van straatnamen.