Fossielen gevonden in Oost-Afrika suggereren dat protohumanen meer dan 20 miljoen jaar geleden door het gebied zwierven. Recente vondsten in de buurt van Lake Turkana in Kenia geven aan dat mensachtigen 2,6 miljoen jaar geleden in het gebied woonden.
Kushitisch sprekende mensen uit Noord-Afrika trokken begin 2000 voor Christus naar het gebied dat nu Kenia is. Arabische handelaren begonnen rond de eerste eeuw na Christus de kust van Kenia te bezoeken. Kenia's nabijheid tot het Arabische schiereiland nodigde kolonisatie uit, en Arabische en Perzische nederzettingen ontspruiten langs de kust in de achtste eeuw. Tijdens het eerste millennium na Christus trokken Nilotic- en Bantu-volkeren de regio in, en deze laatste omvatten nu driekwart van de bevolking van Kenia.
De Swahili-taal, een mengeling van Bantu en Arabisch, ontwikkelde zich als een lingua franca voor handel tussen de verschillende volkeren. De Arabische dominantie aan de kust werd overschaduwd door de aankomst in 1498 van de Portugezen, die op hun beurt plaatsmaakten voor islamitische controle onder de imam van Oman in de jaren 1600. Het Verenigd Koninkrijk vestigde zijn invloed in de 19e eeuw.
De koloniale geschiedenis van Kenia dateert uit de Berlijnse conferentie van 1885, toen de Europese mogendheden Oost-Afrika voor het eerst verdeelden in invloedssferen. In 1895 vestigde de Britse regering het Oost-Afrikaanse protectoraat en opende kort daarna de vruchtbare hooglanden voor blanke kolonisten. De kolonisten mochten een stem in de regering krijgen nog voordat het officieel een Britse kolonie werd gemaakt in 1920, maar het werd Afrikanen verboden tot directe politieke participatie tot 1944.
Van oktober 1952 tot december 1959 bevond Kenia zich in een noodtoestand als gevolg van de "Mau Mau" -opstand tegen de Britse koloniale overheersing. Tijdens deze periode nam de Afrikaanse deelname aan het politieke proces snel toe.
De eerste rechtstreekse verkiezingen voor Afrikanen in de Wetgevende Raad vonden plaats in 1957. Kenia werd onafhankelijk op 12 december 1963 en het volgende jaar werd lid van het Gemenebest. Jomo Kenyatta, lid van de grote etnische groep van Kikuyu en hoofd van de Kenya African National Union (KANU), werd de eerste president van Kenia. De minderheidspartij, Kenya African Democratic Union (KADU), die een coalitie van kleine etnische groepen vertegenwoordigt, loste zich vrijwillig op in 1964 en trad toe tot KANU.
Een kleine maar belangrijke linkse oppositiepartij, de Kenya People's Union (KPU), werd in 1966 gevormd onder leiding van Jaramogi Oginga Odinga, een voormalig vice-president en ouderling van Luo. De KPU werd kort daarna verbannen en de leider werd vastgehouden. Na 1969 werden geen nieuwe oppositiepartijen gevormd en werd KANU de enige politieke partij. Bij de dood van Kenyatta in augustus 1978 werd vice-president Daniel Arap Moi president.
In juni 1982 wijzigde de Nationale Vergadering de grondwet, waardoor Kenia officieel een eenpartijstaat werd en in september 1983 werden parlementsverkiezingen gehouden. De verkiezingen van 1988 versterkten het eenpartijstelsel. In december 1991 heeft het Parlement het eenpartijengedeelte van de grondwet echter ingetrokken. Begin 1992 waren er verschillende nieuwe partijen gevormd en in december 1992 waren er meerpartijenverkiezingen. Vanwege verdeeldheid in de oppositie werd Moi echter herkozen voor een nieuwe termijn van 5 jaar en behield zijn KANU-partij een meerderheid van de wetgevende macht. . Parlementaire hervormingen in november 1997 breidden de politieke rechten uit en het aantal politieke partijen groeide snel. Wederom vanwege een verdeelde oppositie won Moi herverkiezing als president bij de verkiezingen van december 1997. KANU won 113 van de 222 parlementaire zetels, maar moest vanwege tekortkomingen afhankelijk zijn van de steun van minder belangrijke partijen om een werkende meerderheid te smeden.
In oktober 2002 sloot een coalitie van oppositiepartijen hun krachten met een factie die zich losmaakte van KANU om de National Rainbow Coalition (NARC) te vormen. In december 2002 werd de NARC-kandidaat, Mwai Kibaki, gekozen tot derde president van het land. President Kibaki ontving 62% van de stemmen en NARC won ook 59% van de zetels in het parlement.