Aangenomen wordt dat de vroegste menselijke voorouders van het continent Afrika komen. Toen primaten zich aanpasten en vervolgens vertakken in veel verschillende soorten op de boom van het leven, verscheen de lijn die uiteindelijk onze moderne menselijke wezens werd. Omdat de evenaar rechtstreeks door het continent van Afrika snijdt, ontvangen de landen daar het hele jaar door bijna direct zonlicht. Dit directe zonlicht, met ultraviolette stralen, en de warme temperaturen brengt druk voor de natuurlijke selectie van donkere huidskleur. Pigmenten, zoals melanine in de huid, beschermen tegen deze schadelijke zonnestralen. Dit hield individuen met een donkere huid langer in leven en ze zouden de donkere huidgenen reproduceren en doorgeven aan hun nakomelingen.
Het belangrijkste gen dat de oogkleur regelt, is relatief nauw verbonden met de genen die de huidskleur veroorzaken. Er wordt aangenomen dat de oude menselijke voorouders allemaal donkerbruine of bijna zwart gekleurde ogen en zeer donker haar hadden (dat ook wordt gecontroleerd door gekoppelde genen aan oogkleur en huidskleur). Hoewel bruine ogen nog steeds worden beschouwd als overwegend dominante algemene oogkleuren, zijn er verschillende verschillende oogkleuren die nu gemakkelijk te zien zijn in de wereldwijde populatie van mensen. Dus waar kwamen al deze oogkleuren vandaan??
Hoewel er nog steeds bewijs wordt verzameld, zijn de meeste wetenschappers het erover eens dat de natuurlijke selectie voor de lichtere oogkleuren gekoppeld is aan de versoepeling van de selectie voor de donkere huidtinten. Toen menselijke voorouders naar verschillende plaatsen op de wereld begonnen te migreren, was de druk om een donkere huidskleur te selecteren niet zo intens. Vooral overbodig voor menselijke voorouders die zich vestigden in wat nu de West-Europese landen zijn, was selectie voor een donkere huid en donkere ogen niet langer nodig om te overleven. Deze veel hogere breedtegraden boden verschillende seizoenen en geen direct zonlicht zoals bij de evenaar op het continent van Afrika. Omdat de selectiedruk niet langer zo intens was, was het waarschijnlijker dat genen muteerden.
Oogkleur is een beetje ingewikkeld als het gaat om genetica. De kleur van menselijke ogen wordt niet bepaald door een enkel gen zoals veel van de andere eigenschappen. Het wordt in plaats daarvan beschouwd als een polygene eigenschap, wat betekent dat er verschillende genen op verschillende chromosomen zijn die informatie bevatten over welke oogkleur een persoon zou moeten hebben. Wanneer deze genen tot expressie worden gebracht, vloeien ze samen om verschillende tinten van verschillende kleuren te maken. Een ontspannen selectie voor donkere oogkleur liet ook meer mutaties toe. Dit creëerde nog meer allelen beschikbaar om samen in de genenpool te combineren om verschillende oogkleuren te creëren.
Personen die hun voorouders kunnen traceren naar West-Europese landen hebben over het algemeen een lichtere huidskleur en lichtere oogkleur dan die uit andere delen van de wereld. Sommige van deze individuen hebben ook delen van hun DNA laten zien die erg leken op die van de lang uitgestorven Neanderthaler afkomst. Van Neanderthalers werd gedacht dat ze lichtere haar- en oogkleuren hadden dan hun Homo sapien nichten en neven.
Nieuwe oogkleuren kunnen mogelijk blijven evolueren naarmate mutaties zich in de loop van de tijd opbouwen. Omdat individuen van verschillende tinten oogkleuren met elkaar fokken, kan het samengaan van die polygene eigenschappen ook resulteren in het ontstaan van nieuwe tinten oogkleur. Seksuele selectie kan ook enkele van de verschillende oogkleuren verklaren die in de loop van de tijd zijn opgedoken. Het paren bij mensen is vaak niet willekeurig en als soort kunnen we onze partners kiezen op basis van gewenste eigenschappen. Sommige mensen vinden de ene oogkleur veel aantrekkelijker dan de andere en kiezen een partner met die kleur ogen. Vervolgens worden die genen doorgegeven aan hun nakomelingen en blijven ze beschikbaar in de genenpool.