In de 19e eeuw kwam Charles Darwin, met enige hulp van Alfred Russel Wallace, voor het eerst op de proppen en publiceerde zijn "On the Origin of Species" waarin hij een concreet mechanisme voorstelde waarin werd uitgelegd hoe soorten zich in de loop van de tijd ontwikkelden. Hij noemde dit mechanisme natuurlijke selectie, wat in feite betekent dat individuen met de meest gunstige aanpassingen voor de omgeving waarin ze leefden, lang genoeg zouden overleven om die gewenste eigenschappen te reproduceren en door te geven aan hun nakomelingen. Darwin veronderstelde dat dit proces in de natuur alleen gedurende zeer lange perioden en gedurende verschillende generaties nakomelingen zou plaatsvinden, maar uiteindelijk zouden ongunstige kenmerken ophouden te bestaan en zouden alleen de nieuwe, gunstige aanpassingen in de genenpool overleven.
Toen Darwin terugkeerde van zijn reis op de HMS Beagle, waarin hij voor het eerst zijn ideeën over evolutie begon te formuleren, wilde hij zijn nieuwe hypothese testen. Omdat het doel is om gunstige aanpassingen te verzamelen om een meer gewenste soort te creëren, lijkt kunstmatige selectie erg op natuurlijke selectie. In plaats van de natuur zijn vaak lange loop te laten nemen, wordt evolutie echter geholpen door mensen die gewenste eigenschappen kiezen en specimens fokken die deze kenmerken bezitten om nakomelingen met die eigenschappen te creëren. Darwin wendde zich tot kunstmatige selectie om de gegevens te verzamelen die hij nodig had om zijn theorieën te testen.
Darwin experimenteerde met broedvogels en selecteerde kunstmatig verschillende kenmerken zoals snavelgrootte en vorm en kleur. Door zijn inspanningen was hij in staat om aan te tonen dat hij de zichtbare kenmerken van vogels kon veranderen en ook kon fokken voor gemodificeerde gedragskenmerken, net zoals natuurlijke selectie over vele generaties in het wild zou kunnen bereiken.
Kunstmatige selectie werkt echter niet alleen met dieren. Er was en blijft ook een grote vraag naar kunstmatige selectie in planten. Eeuwenlang hebben mensen kunstmatige selectie gebruikt om de fenotypes van planten te manipuleren.
Misschien wel het beroemdste voorbeeld van kunstmatige selectie in de plantenbiologie kwam van de Oostenrijkse monnik Gregor Mendel, wiens experimenten met het kweken van erwtenplanten in zijn kloostertuin en vervolgens het verzamelen en vastleggen van alle relevante gegevens zou de basis vormen voor het hele moderne veld van genetica. Door zijn onderwerpplanten te kruisbestuiven of hen toe te staan zichzelf te bestuiven, afhankelijk van welke eigenschappen hij wilde reproduceren in de nakomelingengeneratie, was Mendel in staat om veel van de wetten te achterhalen die de genetica van seksueel reproducerende organismen regelen.
In de afgelopen eeuw is kunstmatige selectie met succes gebruikt om nieuwe hybriden van gewassen en fruit te creëren. Maïs kan bijvoorbeeld worden gekweekt om groter en dikker te zijn in de kolven om de graanopbrengst van een enkele plant te verhogen. Andere opvallende kruisen zijn broccoflower (een kruising tussen broccoli en bloemkool) en een tangelo (de hybride van een mandarijn en een grapefruit). De nieuwe kruisen creëren een onderscheidende smaak van de groente of het fruit die de eigenschappen van hun ouderplanten combineert.
Meer recent is een nieuw soort kunstmatige selectie gebruikt bij inspanningen om voedsel en andere gewassen te verbeteren voor alles, van ziekteresistentie tot houdbaarheid tot kleur en voedingswaarde. Genetisch gemodificeerd (genetisch gemodificeerd voedsel), ook bekend als genetisch gemodificeerd voedsel (GE-voedsel), of bio-engineered voedsel, begon eind jaren tachtig. Het is een methode die planten op cellulair niveau verandert door genetisch gemodificeerde middelen in het voortplantingsproces te introduceren.
Genetische modificatie werd voor het eerst uitgeprobeerd op tabaksplanten, maar verspreidde zich snel naar voedselgewassen - beginnend met de tomaat - en heeft opmerkelijk succes genoten. De praktijk heeft echter aanzienlijke terugslag ondergaan van consumenten die zich zorgen maken over de mogelijkheid van onbedoelde negatieve bijwerkingen die kunnen voortvloeien uit het eten van genetisch gemodificeerde groenten en fruit..
Naast landbouwtoepassingen is het produceren van esthetische aanpassingen een van de meest voorkomende redenen voor selectieve plantenveredeling. Neem bijvoorbeeld het kweken van bloemen om een bepaalde kleur of vorm te creëren (zoals de verbijsterende variëteit aan rozensoorten die momenteel beschikbaar is).
Bruiden en / of hun bruiloftsplanners hebben vaak een specifiek kleurenschema in gedachten voor de speciale dag, en bloemen die bij dat thema passen, zijn vaak een belangrijke factor bij het realiseren van hun visie. Daartoe gebruiken bloemisten en bloemproducenten vaak kunstmatige selectie om kleurovergangen, verschillende kleurpatronen en zelfs bladkleurpatronen te creëren om de gewenste resultaten te bereiken.
Rond kersttijd maken poinsettia-planten populaire decoraties. Poinsettia kunnen in kleur variëren van een dieprode of bordeauxrode tot een meer traditionele, heldere 'kerstrood' tot wit, of een combinatie hiervan. Het gekleurde gedeelte van de poinsettia is eigenlijk een blad, geen bloem, maar kunstmatige selectie wordt nog steeds gebruikt om de gewenste kleur voor een bepaalde plantenvariëteit te krijgen.