Guilá Naquitz is een van de belangrijkste archeologische vindplaatsen in Noord- en Zuid-Amerika en staat bekend om zijn baanbrekende ontdekkingen bij het begrijpen van de domesticatie van planten. De site werd in de jaren 1970 opgegraven door de Amerikaanse archeoloog Kent V. Flannery, met behulp van baanbrekende methoden voor milieu- en ecologische bemonstering. De resultaten van die bemonsteringstechnieken in Guila Naquitz en andere opgravingen die volgden herschreven wat archeologen eerder hadden begrepen van de timing van de plant domesticatie.
Guilá Naquitz is een kleine grot die minstens zes keer tussen 8000 en 6500 v.Chr. Door jagers en verzamelaars wordt bewoond door jagers en verzamelaars, waarschijnlijk in de herfst (oktober tot december) van het jaar. De grot ligt in de Tehuacán-vallei van de staat Oaxaca, Mexico, ongeveer 5 km ten noordwesten van de stad Mitla. De mond van de grot opent in de buurt van de basis van een grote ignimbrite klif die ~ 300 voet (300 meter) boven de valleivloer uitsteekt.
De vroegste informatie over de domesticatie van veel van de Amerikaanse gedomesticeerde gewassen - maïs, flessenpompoen, pompoen en bonen - werd in de jaren vijftig en zestig gevonden in afzettingen die in vijf grotten in Mexico werden onderzocht. Dat waren Guilá Naquitz; De grotten van Romero en Valenzuela in de buurt van Ocampo, Tamaulipas; en grotten van Coxcatlán en San Marcos in Tehuacán, Puebla.
Vijf natuurlijke lagen (A-E) werden geïdentificeerd in de grotafzettingen, die zich uitstrekten tot een maximale diepte van 55 inch (140 centimeter). Helaas kan alleen de bovenste laag (A) definitief worden gedateerd, op basis van koolstofdatums uit de woonverdiepingen en aardewerk dat overeenkomt met Monte Alban IIIB-IV, ca. 700 CE. De datums van de andere lagen in de grot zijn tot op zekere hoogte tegenstrijdig: maar AMS radiokoolstofdata op de plantendelen die werden ontdekt in lagen B, C en D zijn datums teruggekeerd tot bijna 10.000 jaar geleden, ruim binnen de archaïsche periode en, voor de tijd dat het werd ontdekt, was dat een verbazingwekkende vroege datum.
Een aanzienlijk en verhit debat vond plaats in de jaren zeventig, met name over de koolstofdatums uit de teosinte van Guila Naquitz (de genetische voorloper van maïs) cob-fragmenten, zorgen die grotendeels verdwenen nadat vergelijkbare oude dadels voor maïs werden teruggevonden in de grotten van San Marcos en Coxcatlan in Oaxaca en Puebla, en de Xihuatoxtla-site in Guerrero.
Een breed scala aan plantaardig voedsel werd teruggevonden in de grotafzettingen van Guilá Naquitz, waaronder eikels, pinyon, cactusvruchten, hackberries, mesquite-peulen en vooral de wilde vormen van flessenpompoen, pompoen en bonen. Al die planten zouden binnen enkele generaties worden gedomesticeerd. Andere planten op Guila Naquitz zijn chilipepers, amarant, chenopodium en agave. Het bewijsmateriaal van de grotafzettingen omvat plantendelen - steeltjes, zaden, vruchten en korstfragmenten, maar ook stuifmeel en fytolieten.
Drie kolven met plantelementen van zowel teosinte (de wilde stamvader van maïs) als maïs, werden gevonden in de afzettingen en direct gedateerd door AMS-radiokoolstof daterend tot ongeveer 5400 jaar oud; ze zijn geïnterpreteerd als tekenen van beginnende domesticatie. Squashschillen waren ook gedateerd met koolwaterstoffen, terugkerende datums van ongeveer 10.000 jaar geleden.