In bomen wordt hartrot veroorzaakt door een schimmelziekte die ervoor zorgt dat het midden van de romp en takken rotten. Het meest voor de hand liggende symptoom is de aanwezigheid van paddestoelen of schimmelgroei op het oppervlak van de romp of ledematen, conks genaamd. De meeste hardhoutsoorten kunnen worden getroffen door hartrot, en het kan een groot probleem zijn voor de houtkap- en houtindustrie, omdat het middelste kernhout het waardevolste hout in een hardhoutboom is.
Hartrot in levende bomen kan worden veroorzaakt door veel verschillende schimmels en ziekteverwekkers die de boom kunnen binnendringen door open wonden en blootgesteld binnenschorshout om de centrale kern van de boom te infiltreren - het kernhout. Kernhout maakt het grootste deel van het binnenhout en de ondersteunende structuur van een boom uit, dus na verloop van tijd kan deze rotting ervoor zorgen dat de boom faalt en instort.
Kernhoutcellen hebben enige weerstand tegen verval maar zijn afhankelijk van een barrière van bescherming tegen de schors en buiten levend weefsel. Hartrot kan voorkomen in veel hardhout en andere bladverliezende soorten, maar komt vooral veel voor bij met de I. dryophilus en P. everhartii rotschimmels. Alle loofbomen kunnen hartrot krijgen, terwijl harsachtige naaldbomen wat extra weerstand hebben.
Er moet worden opgemerkt dat kernhout genetisch is geprogrammeerd om spontaan te scheiden van levende houtweefsels eromheen. Als de vorming van kernhout eenmaal is begonnen met het leggen van jaarlijkse lagen en het toenemen van het volume, wordt het kernhout snel het grootste deel van de volumestructuur van de boom. Wanneer die levende barrière van bescherming rond het kernhout faalt, zorgt de resulterende ziekte in het kernhout ervoor dat het zacht wordt. Het wordt snel structureel zwakker en vatbaar voor breuk. Een volwassen boom met een grote hoeveelheid kernhout loopt meer risico dan een jonge boom, simpelweg omdat zijn kernhout meer van zijn structuur uitmaakt.
Meestal is een "conk" of paddenstoelend vruchtlichaam op het oppervlak van de boom het eerste teken op de plaats van infectie. Een nuttige vuistregel suggereert dat een kubieke voet van binnenste kernhouthout is vervallen voor elke geproduceerde conk - er is veel slecht hout achter die paddestoel, met andere woorden. Gelukkig vallen hartrotschimmels echter niet levend hout van gezonde bomen binnen. Anders dan de resulterende structurele zwakte die hartrot veroorzaakt, kan een boom er anders behoorlijk gezond uitzien, ook al is het bezaaid met hartrot.
Hartrot is een belangrijke factor die van invloed is op de economische aspecten van het kappen van hout met een hoge waarde, hoewel het een natuurlijk gevolg is in veel oudere bossen. Het kernhout van de boom is waar het waardevolle hout bestaat, en een slecht rotte boom is van geen waarde voor de houtindustrie.
Een hardhouten boom die lang genoeg leeft, zal waarschijnlijk ooit te maken krijgen met hartrot, omdat het een natuurlijk onderdeel van de levenscyclus van de boom is, vooral in inheemse bossen. Een zeer oude boom zal vrijwel zeker stormschade oplopen op een bepaald punt waardoor schimmels kunnen binnendringen en het proces van hartrot kunnen beginnen. In sommige gevallen kunnen hele bossen in gevaar zijn, bijvoorbeeld als een catastrofale storm ooit in het verleden grote schade heeft aangericht. De schimmels verspreiden zich heel langzaam in een boom, dus het kan vele jaren na de eerste schimmelinfectie zijn dat ernstige zwakte zichtbaar wordt.
Hartrot komt overal ter wereld voor en heeft invloed op alle hardhoutbomen. Het kan heel moeilijk zijn om te voorkomen en te beheersen, hoewel een boom die gedurende de hele levensduur zorgvuldig wordt bewaakt, dit kan vermijden.
Zolang een boom krachtig groeit, blijft rot beperkt tot een kleine centrale kern in de boom. Dit gedrag wordt boomhout genoemd compartimentering. Maar als de boom verzwakt is en vers hout wordt blootgesteld aan ernstige snoei of stormschade, kunnen rotschimmels steeds meer in het kernhout van de boom komen.
Er is geen economisch haalbaar fungicide om te gebruiken op een boom die de hartrotschimmels herbergt. De beste manier om hartrot in uw hardhoutboom te voorkomen, is door hem gezond te houden met de juiste managementtechnieken: