Het basisthema van de evolutie van walvissen is de ontwikkeling van grote dieren van veel kleinere voorouders - en dit is nergens duidelijker dan in het geval van multi-ton sperma en grijze walvissen, wiens ultieme voorouders kleine, prehistorische zoogdieren van hondformaat waren die rondsnuffelden de rivierbeddingen van Centraal-Azië 50 miljoen jaar geleden. Misschien meer intrigerend, walvissen zijn ook een case study in de geleidelijke evolutie van zoogdieren van volledig terrestrische naar volledig mariene levensstijlen, met overeenkomstige aanpassingen (langwerpige lichamen, zwemvliezen, blaasgaten, enz.) Op verschillende belangrijke intervallen onderweg.
Tot het begin van de 21e eeuw was de ultieme oorsprong van walvissen gehuld in mysterie, met schaarse overblijfselen van vroege soorten. Dat veranderde allemaal met de ontdekking van een enorme hoeveelheid fossielen in Centraal-Azië (met name het land Pakistan), waarvan sommige nog worden geanalyseerd en beschreven. Deze fossielen, die dateren van slechts 15 tot 20 miljoen jaar na de ondergang van de dinosaurussen 65 miljoen jaar geleden, bewijzen dat de ultieme voorouders van walvissen nauw verwant waren aan artiodactylen, de evenhoevige, hoefdieren die tegenwoordig worden vertegenwoordigd door varkens en schapen.
In de meeste opzichten was Pakicetus (Grieks voor "Pakistaanse walvis") niet te onderscheiden van andere kleine zoogdieren uit het vroege Eoceen-tijdperk: ongeveer 50 pond of zo, met lange, hondachtige poten, een lange staart en een smalle snuit. Cruciaal is echter dat de anatomie van de binnenoren van dit zoogdier nauw aansluit bij die van moderne walvissen, het belangrijkste "diagnostische" kenmerk dat Pakicetus aan de basis van de evolutie van de walvis plaatst. Een van Pakicetus 'naaste familieleden was Indohyus ("Indisch varken"), een oude artiodactyl met enkele intrigerende mariene aanpassingen, zoals een dikke, nijlpaardachtige huid.
Ambulocetus, ook bekend als de 'wandelende walvis', floreerde een paar miljoen jaar na Pakicetus en vertoonde al enkele duidelijk walvisachtige kenmerken. Terwijl Pakicetus een overwegend aardse levensstijl leidde en af en toe in meren of rivieren dook om voedsel te vinden, bezat Ambulocetus een lang, slank, otterachtig lichaam, met zwemvliezen, gewatteerde voeten en een smalle, krokodilachtige snuit. Ambulocetus was veel groter dan Pakicetus - ongeveer 10 voet lang en 500 pond, veel dichter bij een blauwe vinvis dan een guppy - en bracht waarschijnlijk een aanzienlijke hoeveelheid tijd in het water door.
Vernoemd naar de regio van Pakistan waar de botten werden ontdekt, vertoont Rodhocetus nog opvallendere aanpassingen aan een levensstijl in het water. Deze prehistorische walvis was echt amfibisch, kroop omhoog naar het droge alleen om voedsel te zoeken en (mogelijk) te bevallen. In evolutionaire termen was de meest veelzeggende eigenschap van Rodhocetus echter de structuur van zijn heupbeenderen, die niet met de ruggengraat waren versmolten en dus meer flexibiliteit bij het zwemmen gaven.
De overblijfselen van Rodhocetus en zijn voorgangers zijn vooral in Centraal-Azië gevonden, maar de grotere prehistorische walvissen van het late Eoceen-tijdperk (die sneller en verder konden zwemmen) zijn op meer verschillende locaties opgegraven. De bedrieglijk vernoemde Protocetus (het was niet echt de "eerste walvis") had een lang, zeehondenachtig lichaam, krachtige benen om zich door het water voort te stuwen en neusgaten die al begonnen waren halverwege het voorhoofd te migreren - een ontwikkeling voorafschaduwing van de blaasgaten van moderne walvissen.
Protocetus deelde een belangrijk kenmerk met twee grofweg eigentijdse prehistorische walvissen, Maiacetus en Zygorhiza. De voorste ledematen van Zygorhiza waren scharnierend aan de ellebogen, een sterke aanwijzing dat het op het land kroop om te bevallen, en een exemplaar van Maiacetus (wat betekent "goede moederwalvis") is gevonden met een gefossiliseerd embryo erin, geplaatst in het geboortekanaal voor terrestrische aflevering. Het is duidelijk dat de prehistorische walvissen van het Eoceen-tijdperk veel gemeen hadden met moderne reuzenschildpadden!
Ongeveer 35 miljoen jaar geleden hadden sommige prehistorische walvissen gigantische afmetingen bereikt, groter zelfs dan moderne blauwe of potvissen. Het grootste geslacht dat tot nu toe bekend is, is Basilosaurus, waarvan de botten (ontdekt in het midden van de 19e eeuw) ooit werden verondersteld tot een dinosaurus te behoren - vandaar de bedrieglijke naam, wat 'koningshagedis' betekent. Ondanks zijn grootte van 100 ton bezat Basilosaurus een relatief klein brein en gebruikte hij geen echolocatie tijdens het zwemmen. Nog belangrijker vanuit een evolutionair perspectief, Basilosaurus leidde een volledig aquatische levensstijl, geboorte en zwemmen en eten in de oceaan.
Tijdgenoten van Basilosaurus waren veel minder angstaanjagend, misschien omdat er slechts ruimte was voor één gigantisch zoogdierroofdier in de onderzeese voedselketen. Dorudon werd ooit beschouwd als een baby Basilosaurus; pas later werd beseft dat deze kleine walvis (slechts ongeveer 16 voet lang en een halve ton) zijn eigen geslacht verdiende. En de veel latere Aetiocetus (die ongeveer 25 miljoen jaar geleden leefde), hoewel hij slechts een paar ton woog, toont de eerste primitieve aanpassing aan planktonvoeding - kleine platen baleinen naast zijn gewone tanden.
Geen discussie over prehistorische walvissen zou compleet zijn zonder een vrij nieuw geslacht, de toepasselijk genaamde Leviathan, te noemen die in de zomer van 2010 aan de wereld werd aangekondigd. Deze 50-voet lange potvis woog "slechts" ongeveer 25 ton, maar het lijkt te zijn gejaagd op zijn collega-walvissen, samen met prehistorische vissen en inktvissen, en het kan op zijn beurt zijn achtervolgd door de grootste prehistorische haai aller tijden, de Basilosaurus-sized Megalodon.