De duizend dagen oorlog was een burgeroorlog gevochten in Colombia tussen de jaren 1899 en 1902. Het basisconflict achter de oorlog was het conflict tussen liberalen en conservatieven, dus het was een ideologische oorlog in tegenstelling tot een regionale oorlog, en het verdeelde families en werd gevochten over het hele land. Nadat ongeveer 100.000 Colombianen waren gestorven, stopten beide partijen de strijd.
Tegen 1899 had Colombia een lange traditie van conflicten tussen liberalen en conservatieven. De fundamentele kwesties waren deze: de conservatieven gaven de voorkeur aan een sterke centrale overheid, beperkte stemrechten en sterke banden tussen kerk en staat. De liberalen waren daarentegen voorstander van sterkere regionale regeringen, universele stemrechten en een scheiding tussen kerk en staat. De twee facties stonden op gespannen voet sinds de ontbinding van Gran Colombia in 1831.
In 1898 werd de conservatieve Manuel Antonio Sanclemente tot president van Colombia gekozen. De liberalen waren woedend omdat ze geloofden dat er aanzienlijke verkiezingsfraude had plaatsgevonden. Sanclemente, die ver in zijn jaren tachtig was, had deelgenomen aan een conservatieve omverwerping van de regering in 1861 en was extreem impopulair onder liberalen. Vanwege gezondheidsproblemen was de greep van Sanclemente op macht niet erg stevig, en liberale generaals beraamden een opstand voor oktober 1899.
De liberale opstand begon in de provincie Santander. De eerste botsing vond plaats toen liberale strijdkrachten in november 1899 probeerden Bucaramanga te veroveren, maar werd afgeslagen. Een maand later scoorden de liberalen hun grootste overwinning van de oorlog, toen generaal Rafael Uribe Uribe een grotere conservatieve kracht rende in de slag om Peralonso. De overwinning in Peralonso gaf de liberalen de hoop en kracht om het conflict nog twee jaar tegen superieure aantallen te slepen.
De dwaze generaal Vargas Santos weigerde dwaas zijn voordeel te drukken en bleef lang genoeg stilstaan voor de conservatieven om te herstellen en een leger achter hem aan te sturen. Ze botsten in mei 1900 in Palonegro, in het departement Santander. De strijd was wreed. Het duurde ongeveer twee weken, wat betekende dat uiteindelijk ontbindende lichamen een factor aan beide kanten werden. Onderdrukkende hitte en gebrek aan medische zorg maakten het slagveld tot een levende hel toen de twee legers keer op keer over dezelfde loopgraven vochten. Toen de rook opkwam, waren er bijna 4.000 doden en was het liberale leger gebroken.
Tot dit punt hadden de liberalen hulp gekregen van buurland Venezuela. De regering van de Venezolaanse president Cipriano Castro had mannen en wapens gestuurd om aan de liberale kant te vechten. Het verwoestende verlies bij Palonegro deed hem alle steun een tijdje stoppen, hoewel een bezoek van liberaal-generaal Rafael Uribe Uribe hem ervan overtuigde om het sturen van hulp te hervatten.
Na de route in Palonegro was de nederlaag van de liberalen slechts een kwestie van tijd. Hun legers in duigen, ze zouden op de rest van de oorlog vertrouwen op guerrillatactieken. Ze wisten wel enkele overwinningen te behalen in het huidige Panama, waaronder een kleinschalige zeeslag waarbij de kanonneerboot Padilla het Chileense schip ("geleend" door de conservatieven) Lautaro in de haven van Panama City zag zinken. Ondanks deze kleine overwinningen konden zelfs versterkingen uit Venezuela de liberale zaak niet redden. Na de slagerij in Peralonso en Palonegro hadden de inwoners van Colombia alle wens verloren om door te gaan met vechten.
Gematigde liberalen probeerden al enige tijd een vreedzaam einde van de oorlog te bewerkstelligen. Hoewel hun zaak verloren was, weigerden ze een onvoorwaardelijke overgave te overwegen: ze wilden een liberale vertegenwoordiging in de regering als een minimumprijs voor het beëindigen van vijandelijkheden. De conservatieven wisten hoe zwak de liberale positie was en bleven stevig in hun eisen. Het Verdrag van Neerlandia, ondertekend op 24 oktober 1902, was in feite een staakt-het-vuren-overeenkomst waarbij alle liberale strijdkrachten werden ontwapend. De oorlog werd formeel beëindigd op 21 november 1902, toen een tweede verdrag werd ondertekend op het dek van het Amerikaanse oorlogsschip Wisconsin.
De Duizend Dagen Oorlog deed niets om de al lang bestaande verschillen tussen de liberalen en conservatieven te verlichten, die in de jaren veertig opnieuw oorlog zouden voeren in het conflict dat bekend staat als La Violencia. Hoewel nominaal een conservatieve overwinning, waren er geen echte winnaars, alleen verliezers. De verliezers waren de bevolking van Colombia, omdat duizenden levens verloren gingen en het land werd verwoest. Als extra belediging stond de chaos door de oorlog de Verenigde Staten toe om de onafhankelijkheid van Panama te bewerkstelligen, en Colombia verloor dit waardevolle grondgebied voor altijd.
De duizend dagen oorlog is in Colombia bekend als een belangrijke historische gebeurtenis, maar het is internationaal onder de aandacht gebracht vanwege een buitengewone roman. Nobelprijswinnaar Gabriel García Márquez '1967 meesterwerk Honderd jaar eenzaamheid beslaat een eeuw in het leven van een fictief Colombiaans gezin. Een van de beroemdste personages van deze roman is kolonel Aureliano Buendía, die het kleine stadje Macondo verlaat om jaren te vechten in de Thousand Days 'War (voor de goede orde, hij vocht voor de liberalen en wordt verondersteld losjes gebaseerd te zijn op Rafael Uribe Uribe).