Toen Commodore Matthew Perry en de Amerikaanse zwarte schepen verschenen in Edo Harbor, veroorzaakte hun verschijning en de daaropvolgende 'opening' van Japan een onvoorspelbare reeks gebeurtenissen in Tokugawa Japan, waaronder een burgeroorlog die vijftien jaar later uitbrak: de Boshin Oorlog.
De Boshin-oorlog duurde slechts twee jaar, tussen 1868 en 1869, en sloeg Japanse samurai en edelen af tegen het regerende Tokugawa-regime, waarbij de samurai de shogun omver wilde werpen en de politieke macht aan de keizer wilde teruggeven.
Uiteindelijk overtuigde de militante pro-keizer samoerai van Satsuma en Choshu de keizer om een decreet uit te vaardigen waarin het Huis van Tokugawa werd ontbonden, een potentieel fatale slag voor de familie van de voormalige sjogoen.
Op 27 januari 1868 viel het leger van de shogunaat, dat meer dan 15.000 leden telt en voornamelijk bestond uit traditionele samurai, de troepen van Satsuma en Choshu aan bij de zuidelijke ingang van Kyoto, de keizerlijke hoofdstad.
Choshu en Satsuma hadden slechts 5.000 troepen in de strijd, maar ze hadden moderne wapens waaronder geweren, houwitsers en zelfs Gatling-wapens. Toen de pro-imperiale troepen het tweedaagse gevecht wonnen, wisselden verschillende belangrijke daimyo hun trouw van de shogun naar de keizer.
Op 7 februari verliet de voormalige shogun Tokugawa Yoshinobu Osaka en trok zich terug naar zijn eigen hoofdstad Edo (Tokio). Ontmoedigd door zijn vlucht, gaven de shogunale strijdkrachten hun verdediging op van het kasteel van Osaka, dat de volgende dag aan imperiale strijdkrachten viel.
In een nieuwe klap voor de shogun besloten de ministers van Buitenlandse Zaken van de westerse mogendheden begin februari om de regering van de keizer te erkennen als de rechtmatige regering van Japan. Dit verhinderde echter niet dat samoerai aan de keizerlijke zijde buitenlanders aanvielen in verschillende afzonderlijke incidenten omdat het sentiment tegen buitenlanders zeer hoog was.
Saigo Takamori, later bekend als de 'Laatste Samurai', leidde de troepen van de keizer in Japan naar Edo in mei 1869 en de hoofdstad van de shogun gaf zich kort daarna onvoorwaardelijk over.
Ondanks deze ogenschijnlijk snelle nederlaag van de shogunale strijdkrachten, weigerde de commandant van de marine van de shogun acht van zijn schepen over te geven, in plaats van naar het noorden te gaan, in de hoop om de krachten te bundelen met de samoerai van de Aizu-clan en andere krijgers uit het noordelijke domein, die nog steeds loyaal waren aan de shogunale overheid.
De Northern Coalition was dapper maar vertrouwde op traditionele vechtmethoden en wapens. Het kostte de goed bewapende keizerlijke troepen van mei tot november 1869 om eindelijk het koppige noordelijke verzet te verslaan, maar op 6 november gaven de laatste Aizu samurai zich over.
Twee weken eerder was de Meiji-periode officieel begonnen en werd de voormalige shogunale hoofdstad in Edo omgedoopt tot Tokyo, wat 'oostelijke hoofdstad' betekent.
Hoewel de Boshin-oorlog voorbij was, ging de neerslag van deze reeks gebeurtenissen door. Die-hards van de Northern Coalition, evenals enkele Franse militaire adviseurs, probeerden de afzonderlijke Ezo-republiek op het noordelijke eiland Hokkaido op te zetten, maar de kortstondige republiek gaf zich over en knipoogde op 27 juni 1869.
In een interessante wending betreurde Saigo Takamori van het zeer pro-Meiji Satsuma-domein later zijn rol in de Meiji-restauratie. Hij eindigde in een leidende rol in de gedoemde Satsuma-rebellie, die in 1877 eindigde met zijn dood.