Tegenwoordig zweeft de Borobudur-tempel boven het landschap van Midden-Java als een lotusknop op een vijver, sereen ondoordringbaar voor de menigte toeristen en snuisterijen eromheen. Het is moeilijk voor te stellen dat dit prachtige en imposante boeddhistische monument eeuwenlang begraven lag onder lagen en lagen vulkanische as.
We hebben geen schriftelijke gegevens van toen Borobudur werd gebouwd, maar op basis van de carvingstijl dateert het waarschijnlijk tussen 750 en 850 CE. Dat maakt het ongeveer 300 jaar ouder dan het even mooie tempelcomplex Angkor Wat in Cambodja. De naam "Borobudur" komt waarschijnlijk van de Sanskrietwoorden Vihara Boeddha Urh, wat 'Boeddhistisch klooster op de heuvel' betekent. In die tijd woonde Midden-Java zowel hindoes als boeddhisten, die een aantal jaren vreedzaam naast elkaar hebben bestaan en die voor elk geloof op het eiland prachtige tempels bouwden. Borobudur zelf lijkt het werk te zijn geweest van de overwegend-boeddhistische Sailendra-dynastie, die een zijrivier was voor het Srivijayan-rijk.
De tempel zelf is gemaakt van ongeveer 60.000 vierkante meter steen, die allemaal elders moest worden gewonnen, gevormd en gesneden onder de brandende tropische zon. Een enorm aantal arbeiders moet aan het kolossale gebouw hebben gewerkt, dat bestaat uit zes vierkante platformlagen met daarboven drie cirkelvormige platformlagen. Borobudur is versierd met 504 Boeddhabeelden en 2.670 prachtig gesneden reliëfpanelen, met 72 stoepa's bovenop. De bas-reliëfpanelen verbeelden het dagelijks leven op Java in de 9e eeuw, hovelingen en soldaten, lokale planten en dieren en de activiteiten van gewone mensen. Andere panelen bevatten boeddhistische mythen en verhalen en tonen spirituele wezens als goden, en tonen spirituele wezens als goden, bodhisattva's, kinnara's, asura's en apsara's. De gravures bevestigen destijds de sterke invloed van Gupta India op Java; de hogere wezens worden meestal afgebeeld in de tribhanga pose typisch voor de hedendaagse Indiase beeldhouwkunst, waarin de figuur op één gebogen been staat met de andere voet naar voren, en sierlijk zijn nek en taille buigt zodat het lichaam een zachte 'S' vorm vormt.
Op een gegeven moment verlieten de mensen in Midden-Java de Borobudur-tempel en andere nabijgelegen religieuze plaatsen. De meeste experts geloven dat dit te wijten was aan vulkaanuitbarstingen in het gebied tijdens de 10e en 11e eeuw CE - een plausibele theorie, gezien het feit dat toen de tempel 'herontdekt' was, deze bedekt was met meters as. Sommige bronnen stellen dat de tempel niet volledig werd verlaten tot de 15e eeuw CE, toen de meerderheid van de mensen van Java zich bekeerde van het boeddhisme en het hindoeïsme naar de islam, onder invloed van moslimhandelaren op de handelsroutes van de Indische Oceaan. Natuurlijk vergaten de lokale mensen niet dat Borobudur bestond, maar naarmate de tijd verstreek, werd de begraven tempel een plaats van bijgelovige angst die het beste kon worden vermeden. De legende vertelt bijvoorbeeld over de kroonprins van het Yogyakarta-sultanaat, prins Monconagoro, die een van de Boeddha-afbeeldingen heeft gestolen in de kleine gehouwen stenen stupa's die bovenop de tempel staan. De prins werd ziek van het taboe en stierf de volgende dag.
Toen de Britten in 1811 Java van de Verenigde Oost-Indische Compagnie in beslag namen, hoorde de Britse gouverneur, Sir Thomas Stamford Raffles, geruchten over een enorm begraven monument verborgen in de jungle. Raffles stuurde een Nederlandse ingenieur genaamd H.C. Cornelius om de tempel te vinden. Cornelius en zijn team hakten de junglebomen weg en groeven tonnen vulkanische as om de ruïnes van Borobudur te onthullen. Toen de Nederlanders in 1816 de controle over Java overnamen, gaf de lokale Nederlandse beheerder opdracht om de opgravingen voort te zetten. In 1873 was de site grondig genoeg bestudeerd zodat de koloniale overheid een wetenschappelijke monografie kon publiceren waarin deze werd beschreven. Helaas, naarmate de bekendheid groeide, daalden souvenirverzamelaars en aaseters op de tempel af, wat een deel van het kunstwerk meenam. De beroemdste souvenirverzamelaar was koning Chulalongkorn van Siam, die tijdens een bezoek aan 1896 30 panelen, vijf Boeddhabeelden en verschillende andere stukken nam; sommige van deze gestolen stukken bevinden zich vandaag in het Thai National Museum in Bangkok.
Tussen 1907 en 1911 voerde de regering van Nederlands-Indië de eerste grote restauratie van Borobudur uit. Bij deze eerste poging werden de beelden schoongemaakt en beschadigde stenen vervangen, maar werd het probleem van water dat door de voet van de tempel wegliep en het ondermijnt, niet aangepakt. Tegen het einde van de jaren zestig had Borobudur dringend behoefte aan een nieuwe renovatie, dus de nieuw onafhankelijke Indonesische regering onder Soekarno deed een beroep op de internationale gemeenschap om hulp. Samen met UNESCO lanceerde Indonesië een tweede groot restauratieproject van 1975 tot 1982, dat de fundering stabiliseerde, afvoeren installeerde om het waterprobleem op te lossen en alle bas-reliëfpanelen opnieuw schoonmaakte. UNESCO vermeldde Borobudur als werelderfgoed in 1991 en werd de grootste toeristische attractie van Indonesië onder zowel lokale als internationale reizigers.