Robert E. Lee was de commandant van het leger van Noord-Virginia van 1862 tot het einde van de burgeroorlog. In deze rol was hij misschien wel de belangrijkste generaal van de burgeroorlog. Zijn vermogen om het meeste uit zijn bevelhebbers en mannen te halen, stelde de Confederatie in staat zijn uitdagendheid van het noorden te handhaven tegen toenemende kansen. Lee was de belangrijkste commandant in verschillende veldslagen van de burgeroorlog.
Dit was het eerste gevecht waarbij generaal Lee Zuidelijke troepen leidde in de burgeroorlog, dienend onder brigadegeneraal Albert Rust. Hij vocht tegen de verschansingen van brigadegeneraal Joseph Reynold op de top van Cheat Mountain in het westen van Virginia. Het federale verzet was hevig en Lee beëindigde uiteindelijk de aanval. Hij werd op 30 oktober teruggeroepen naar Richmond en behaalde weinig resultaten in het westen van Virginia. Dit was een overwinning van de Unie.
Op 1 juni 1862 kreeg Lee het bevel over het leger van Noord-Virginia. Tussen 25 juni en 1 juli 1862 leidde hij zijn troepen in zeven veldslagen, gezamenlijk de veldslagen van zeven dagen genoemd.
De meest beslissende strijd van de Northern Virginia Campaign, troepen onder leiding van Lee, Jackson en Longstreet wisten een enorme overwinning te behalen voor de Confederacy.
Deze strijd vond plaats als onderdeel van de Maryland Campaign. Het leger van de Unie kon de positie van Lee op South Mountain overnemen. McClellan slaagde er echter niet in het verwoeste leger van Lee op de 15e na te streven, wat betekende dat Lee tijd had om zich te hergroeperen in Sharpsburg.
McClellan ontmoette uiteindelijk de troepen van Lee op de 16e. De bloedigste dag van de strijd tijdens de burgeroorlog vond plaats op 17 september. De federale troepen hadden een enorm voordeel in aantallen, maar Lee bleef vechten met al zijn troepen. Hij was in staat om de federale opmars af te houden terwijl zijn troepen zich terugtrokken over de Potomac naar Virginia. De resultaten waren niet doorslaggevend, hoewel strategisch belangrijk voor het leger van de Unie.
Union-majoor generaal Ambrose Burnside probeerde Fredericksburg in te nemen. De Zuidelijken bezetten de omringende hoogten. Ze hebben talloze aanvallen afgeweerd. Burnside besloot uiteindelijk zich terug te trekken. Dit was een zuidelijke overwinning.
Door velen beschouwd als de grootste overwinning van Lee, marcheerde hij zijn troepen om de federale troepen te ontmoeten die probeerden vooruit te komen op de Zuidelijke positie. De troepenmacht onder leiding van generaal-majoor Joseph Hooker besloot een verdediging te vormen in Chancellorsville. "Stonewall" Jackson leidde zijn troepen tegen de blootgestelde federale linkerflank en sloeg de vijand definitief neer. Uiteindelijk brak de Union-lijn en trokken ze zich terug. Lee verloor een van zijn meest capabele generaals toen Jackson werd gedood door vriendelijk vuur. Dit was een zuidelijke overwinning.
In de slag om Gettysburg probeerde Lee een volledige aanval uit te voeren op de troepen van de Unie onder leiding van generaal-majoor George Meade. Vechten was fel aan beide kanten. Het leger van de Unie was echter in staat de Zuidelijken af te stoten. Dit was een belangrijke overwinning van de Unie.
De Battle of the Wilderness was de eerste van het offensief van generaal Ulysses S. Grant in Noord-Virginia tijdens de campagne Overland. Vechten was fel, maar de resultaten waren niet overtuigend. Grant trok zich echter niet terug.
Grant en Meade probeerden hun mars naar Richmond voort te zetten in de Overland-campagne, maar werden gestopt bij Spotsylvania Courthouse. In de komende twee weken vonden er een aantal gevechten plaats, resulterend in 30.000 slachtoffers. De resultaten waren niet doorslaggevend, maar Grant kon zijn mars naar Richmond voortzetten.
Het Union Army onder Grant bleef hun opmars maken in de Overland-campagne. Ze gingen op weg naar Cold Harbor. Op 2 juni bevonden beide legers zich echter op een veld van zeven mijl. Grant gaf opdracht tot een aanval die resulteerde in een routing voor zijn mannen. Uiteindelijk verliet hij het slagveld en koos ervoor om Richmond te benaderen door de minder goed verdedigde stad Petersburg. Dit was een zuidelijke overwinning.
Het Union Army stak de rivier de James over bij Deep Bottom om Richmond te bedreigen. Ze waren echter niet succesvol, omdat geconfedereerde tegenaanvallen hen verdreven. Ze trokken zich uiteindelijk terug naar de andere kant van de James River.
Generaal Robert E. Lee probeerde in het Appomattox Court House te ontsnappen aan de troepen van de Unie en op weg te gaan naar Lynchburg, waar de voorraden wachtten. Versterkingen door de Unie maakten dit echter onmogelijk. Lee gaf zich over aan Grant.