Mary Daly, opgegroeid in een katholiek gezin en haar hele jeugd naar katholieke scholen gestuurd, volgde filosofie en daarna theologie op de universiteit. Toen de Katholieke Universiteit haar als vrouw niet toestond om theologie te studeren voor een doctoraat, vond ze een klein vrouwencollege dat wel een Ph.D. in de theologie.
Na een paar jaar als instructeur aan het Cardinal Cushing College te hebben gewerkt, ging Daly naar Zwitserland om daar theologie te studeren en een andere Ph.D. Tijdens haar studie aan de Universiteit van Fribourg gaf ze les in het Junior Year Abroad-programma voor Amerikaanse studenten.
Terugkerend naar de Verenigde Staten werd Mary Daly aangenomen als universitair docent theologie door Boston College. Controverse volgde op de publicatie van haar boek uit 1968, De kerk en het tweede geslacht: naar een filosofie van de bevrijding van vrouwen, en het college probeerde Mary Daly te ontslaan, maar werd gedwongen haar opnieuw in dienst te nemen bij het presenteren van een studentenpetitie ondertekend door 2500.
Mary Daly werd gepromoveerd tot universitair hoofddocent theologie in 1969, een vaste functie. Terwijl haar boeken haar steeds verder buiten de cirkel van het katholicisme en het christendom brachten, ontkende het college Daly-promoties tot hoogleraar in 1974 en opnieuw in 1989.
Het college maakte bezwaar tegen het beleid van Daly om te weigeren mannen toe te laten tot haar feministische ethieklessen, hoewel ze aanbood mannen individueel en privé les te geven. Ze ontving vijf waarschuwingen over deze praktijk van het college.
In 1999 leidde een rechtszaak namens senior Duane Naquin, ondersteund door het Centre for Individual Rights, tot haar ontslag.
Naquin had niet de vereiste cursus voor vrouwenstudies gevolgd en probeerde Daly te vertellen dat hij de cursus individueel met haar kon volgen.
Deze student werd ondersteund door het Centre for Individual Rights, een organisatie die zich verzet tegen Titel IX, en een tactiek die wordt gebruikt, is het indienen van rechtszaken waarbij Titel IX op mannelijke studenten wordt toegepast.
In 1999 beëindigde Boston College het contract van Mary Daly als vaste professor tegen deze rechtszaak. Zij en haar aanhangers dienden een rechtszaak in en vroegen om een gerechtelijk bevel tegen het vuren, op grond van het feit dat het juiste proces niet was gevolgd.
In februari 2001 kondigden de aanhangers van Boston College en Mary Daly aan dat Daly zich buiten de rechtbank met Boston College had gevestigd, waardoor de zaak uit handen van de rechtbank en rechter werd genomen.
Ze keerde niet terug naar het lesgeven en beëindigde daar officieel haar hoogleraarschap in 2001.
Mary Daly publiceerde haar verslag van deze strijd in haar boek van 2006, Amazing Grace: Re-call the Courage to Sin Big.
Mary Daly's visie op transseksualiteit in haar boek uit 1978 Gynaecologie wordt vaak geciteerd door radicale feministen die het niet ondersteunen om transseksuelen van man naar vrouw op te nemen als vrouwen:
Transseksualiteit is een voorbeeld van mannelijke chirurgische opvoeding die de vrouwelijke wereld binnenvalt met substituten.