Het alternatieve aanwezigheidssysteem, of Sankin kotai, was een Tokugawa Shogunate-beleid dat daimyo (of provinciale heren) verplichtte om hun tijd te verdelen tussen de hoofdstad van hun eigen domein en de hoofdstad van de shogun, Edo (Tokio). De traditie begon eigenlijk informeel tijdens het bewind van Toyotomi Hideyoshi (1585 - 1598), maar werd in 1635 gecodificeerd door Tokugawa Iemitsu.
Eigenlijk was de eerste sankin-kotai-wet alleen van toepassing op wat bekend stond als de Tozama of "buiten" daimyo. Dit waren heren die pas na de Slag van Sekigahara (21 oktober 1600) toetraden tot de Tokugawa-zijde, die Tokugawa-macht in Japan versterkte. Veel van de heren uit verre, grote en krachtige domeinen behoorden tot de tozama daimyo, dus zij waren de eerste prioriteit van de shogun om te controleren.
In 1642 werd sankin-kotai echter ook uitgebreid tot de Fudai daimyo, degenen wiens clans al vóór Sekigahara met de Tokugawa's waren verbonden. Een verleden van loyaliteit was geen garantie voor blijvend goed gedrag, dus de fudai daimyo moest ook hun koffers pakken.
Onder het alternatieve aanwezigheidssysteem moest elke domeinheer afwisselend jaren doorbrengen in zijn eigen hoofdsteden of het hof van de sjogoen in Edo bijwonen. De daimyo moest weelderige huizen in beide steden onderhouden en moest betalen om met hun gevolg en samurai-legers elk jaar tussen de twee plaatsen te reizen. De centrale overheid verzekerde dat de daimyo hieraan voldeed door te eisen dat ze hun vrouwen en eerstgeboren zonen te allen tijde in Edo achterlieten als virtuele gijzelaars van de shogun.
De verklaarde reden van de sjogoenen om deze last aan de daimyo op te leggen was dat het noodzakelijk was voor nationale defensie. Elke daimyo moest een bepaald aantal samoerai leveren, berekend op basis van de rijkdom van zijn domein, en ze om de twee jaar naar de hoofdstad brengen voor militaire dienst. De shoguns hebben echter deze maatregel genomen om de daimyo bezig te houden en om zware kosten aan hen op te leggen, zodat de heren niet de tijd en het geld zouden hebben om oorlogen te beginnen. Alternatieve aanwezigheid was een effectief hulpmiddel om te voorkomen dat Japan teruggleed in de chaos die de Sengoku-periode kenmerkte (1467 - 1598).
Het alternatieve aanwezigheidssysteem had ook een aantal secundaire, misschien ongeplande voordelen voor Japan. Omdat de heren en hun grote aantal volgers zo vaak moesten reizen, hadden ze goede wegen nodig. Een systeem van goed onderhouden snelwegen groeide daardoor door het hele land. De hoofdwegen naar elke provincie stonden bekend als de kaido.
De alternatieve bezoekers van de opkomst stimuleerden ook de economie langs hun route, het kopen van voedsel en onderdak in de steden en dorpen die ze passeerden op weg naar Edo. Langs de Kaido ontstond een nieuw soort hotel of pension, bekend als honjin, en speciaal gebouwd om de Daimyo en hun gevolg te huisvesten terwijl ze van en naar de hoofdstad reisden. Het alternatieve aanwezigheidssysteem bood ook entertainment voor het gewone volk. De jaarlijkse processies van de daimyo's heen en weer naar de hoofdstad van de shogun waren feestelijke gelegenheden, en iedereen bleek hen te zien passeren. Iedereen houdt tenslotte van een parade.
Alternatieve opkomst werkte goed voor de Tokugawa Shogunate. Gedurende zijn gehele bewind van meer dan 250 jaar, werd geen enkele Tokugawa-shogun geconfronteerd met een opstand door een van de daimyo. Het systeem bleef van kracht tot 1862, slechts zes jaar voordat de shogun viel in de Meiji-restauratie. Onder de leiders van de Meiji-restauratiebeweging bevonden zich twee van de allerbeste tozama (buiten) van alle daimyo - de overgebleven heren van Chosu en Satsuma, aan de zuidkant van de belangrijkste Japanse eilanden..