Op basis van archeologische vondsten is gepostuleerd dat de activiteit van mensachtigen in Japan al in 200.000 voor Christus kan dateren. toen de eilanden waren verbonden met het Aziatische vasteland. Hoewel sommige wetenschappers twijfelen aan deze vroege datum voor bewoning, zijn de meeste het erover eens dat rond 40.000 v.Chr. ijstijd had de eilanden weer verbonden met het vasteland.
Op basis van archeologisch bewijs zijn ze het er ook over eens dat tussen 35.000 en 30.000 v.Chr. Homo sapiens was vanuit Oost- en Zuidoost-Azië naar de eilanden gemigreerd en had gevestigde patronen van jagen en verzamelen en het maken van stenen gereedschap. Stenen werktuigen, bewoningslocaties en menselijke fossielen uit deze periode zijn gevonden op alle eilanden van Japan.
Stabielere levenspatronen gaven aanleiding tot ongeveer 10.000 v.Chr. voor het Neolithicum of, zoals sommige wetenschappers beweren, de Mesolithische cultuur. Mogelijk verre voorouders van de inheemse Ainu-bevolking van het moderne Japan, leden van de heterogene Jomon-cultuur (ca. 10.000 - 300 v.Chr.) Lieten het duidelijkste archeologische record achter. Tegen 3.000 v.Chr. Maakten de Jomon-bevolking figuren van klei en vaten versierd met patronen gemaakt door de natte klei te imponeren met gevlochten of ongevlochten koord en stokken (Jomon betekent 'patronen van gevlochten koord') met groeiende verfijning. Deze mensen gebruikten ook afgebroken stenen werktuigen, vallen en bogen en waren jagers, verzamelaars en bekwame kust- en diepwatervissers. Ze beoefenden een rudimentaire vorm van landbouw en leefden in grotten en later in groepen van ofwel tijdelijke ondiepe kuilwoningen of bovengrondse huizen, waardoor rijke keuken middens achterbleven voor moderne antropologische studie.
Tegen het einde van de Jomon-periode had er volgens archeologische studies een dramatische verschuiving plaatsgevonden. De beginnende teelt was geëvolueerd naar een geavanceerde rijstveldenhouderij en overheidscontrole. Veel andere elementen van de Japanse cultuur dateren ook uit deze periode en weerspiegelen een vermengde migratie vanuit het Noord-Aziatische continent en de zuidelijke Stille Oceaan. Onder deze elementen bevinden zich de Shinto-mythologie, huwelijksgebruiken, architecturale stijlen en technologische ontwikkelingen, zoals lakwerk, textiel, metaalbewerking en glasblazen.
De volgende culturele periode bloeide de Yayoi (vernoemd naar het gedeelte van Tokio waar archeologisch onderzoek zijn sporen aan het licht bracht) tussen ongeveer 300 voor Christus. en A.D. 250 van het zuiden van Kyushu tot het noorden van Honshu. De vroegsten van deze mensen, waarvan wordt gedacht dat ze van Korea naar Noord-Kyushu zijn gemigreerd en met de Jomon zijn vermengd, maakten ook gebruik van steenslaggereedschap. Hoewel het aardewerk van de Yayoi technologisch geavanceerder was, was het eenvoudiger ingericht dan Jomon-waren.
De Yayoi maakten bronzen ceremoniële niet-functionele klokken, spiegels en wapens en, tegen de eerste eeuw na Christus, ijzeren landbouwwerktuigen en wapens. Naarmate de bevolking groeide en de samenleving complexer werd, weefden ze stoffen, woonden in permanente boerendorpen, bouwden gebouwen van hout en steen, verzamelden rijkdom door grondbezit en de opslag van graan, en ontwikkelden verschillende sociale klassen. Hun geïrrigeerde, natte rijstcultuur was vergelijkbaar met die in Midden- en Zuid-China, en vergde veel menselijke arbeid, wat leidde tot de ontwikkeling en uiteindelijke groei van een zeer sedentaire, agrarische samenleving.
In tegenstelling tot China, dat enorme openbare werken en waterbeheersingsprojecten moest uitvoeren, wat leidde tot een zeer gecentraliseerde overheid, had Japan een overvloed aan water. In Japan waren lokale politieke en sociale ontwikkelingen relatief belangrijker dan de activiteiten van de centrale autoriteit en een gelaagde samenleving.
De vroegste geschreven records over Japan zijn afkomstig uit Chinese bronnen uit deze periode. Wa (de Japanse uitspraak van een vroege Chinese naam voor Japan) werd voor het eerst genoemd in 57 n.Chr. Vroege Chinese historici beschreven Wa als een land van honderden verspreide tribale gemeenschappen, niet het verenigde land met een 700-jarige traditie zoals uiteengezet in de Nihongi, die de stichting van Japan op 660 v.Chr. Legt.
Derde-eeuwse Chinese bronnen meldden dat de Wa mensen leefden van rauwe groenten, rijst en vis geserveerd op bamboe en houten trays, vazal-master relaties hadden, belastingen innen, provinciale graanschuren en markten hadden, in handen aanbaden (nog steeds iets gedaan) in Shinto-heiligdommen), had gewelddadige successiestrijd, bouwde aarden grafheuvels en nam rouw waar. Himiko, een vrouwelijke heerser van een vroege politieke federatie bekend als Yamatai, bloeide in de derde eeuw. Terwijl Himiko regeerde als spiritueel leider, voerde haar jongere broer staatszaken uit, waaronder diplomatieke betrekkingen met het hof van de Chinese Wei-dynastie (220 tot 65 na Christus)..