Atahualpa was de laatste van de inheemse heren van het machtige Inca-rijk, dat delen van het huidige Peru, Chili, Ecuador, Bolivia en Colombia overspande. Hij had net zijn broer Huascar verslagen in een gewelddadige burgeroorlog toen Spaanse veroveraars onder leiding van Francisco Pizarro in het Andesgebergte aankwamen. De ongelukkige Atahualpa werd snel gevangen genomen door de Spanjaarden en vastgehouden voor losgeld. Hoewel zijn losgeld was betaald, doodden de Spanjaarden hem toch, en maakten de weg vrij voor de plundering van de Andes.
In het Inca-rijk betekende het woord 'Inca' 'koning' en verwees over het algemeen slechts naar één man: de heerser van het rijk. Atahualpa was een van de vele zonen van Inca Huayna Capac, een efficiënte en ambitieuze heerser. De Inca's konden alleen met hun zussen trouwen: niemand anders werd nobel genoeg geacht. Ze hadden echter veel concubines, en hun nakomelingen (inclusief Atahualpa) kwamen in aanmerking voor regel. Heerschappij van de Inca ging niet noodzakelijkerwijs eerst over naar de oudste zoon, zoals de Europese traditie was. Elke zoon van Huayna Capac zou acceptabel zijn. Vaak braken er burgeroorlogen uit tussen opvolgers.
Huayna Capac stierf in 1526 of 1527, mogelijk aan een Europese infectie zoals pokken. Zijn erfgenaam, kennelijk Ninan Cuyuchi, stierf ook. Het rijk splitste zich onmiddellijk, toen Atahualpa het noordelijke deel regeerde vanuit Quito en zijn broer Huascar regeerde het zuidelijke deel vanuit Cuzco. Een bittere burgeroorlog volgde en woedde totdat Huascar werd gevangen genomen door de troepen van Atahualpa in 1532. Hoewel Huascar was gevangengenomen, was het regionale wantrouwen nog steeds groot en was de bevolking duidelijk verdeeld. Geen van beide partijen wist dat er een veel grotere dreiging naderde vanaf de kust.
Francisco Pizarro was een doorgewinterde campagnevoerder die zich had laten inspireren door de gewaagde (en lucratieve) verovering van Mexico door Hernán Cortés. In 1532 vertrok Pizarro met een troep van 160 Spanjaarden langs de westkust van Zuid-Amerika op zoek naar een vergelijkbaar rijk om te veroveren en te plunderen. De troep omvatte vier van Pizarro's broers. Diego de Almagro was ook betrokken en zou met versterkingen arriveren na de verovering van Atahualpa. De Spanjaarden hadden een enorm voordeel ten opzichte van de Andes met hun paarden, pantser en wapens. Ze hadden een aantal tolken die eerder waren gevangen van een handelsvaartuig.
De Spanjaarden hadden enorm veel geluk dat Atahualpa toevallig in Cajamarca was, een van de dichtstbijzijnde grote steden aan de kust waar ze van boord waren gegaan. Atahualpa had zojuist bericht gekregen dat Huascar gevangen was genomen en vierde met een van zijn legers. Hij had gehoord dat de buitenlanders kwamen en voelde dat hij weinig te vrezen had van minder dan 200 vreemden. De Spanjaarden verborgen hun ruiters in de gebouwen rond het centrale plein in Cajamarca, en toen de Inca arriveerde om met Pizarro te praten, reden ze weg, slachtten honderden en namen Atahualpa gevangen. Er werden geen Spanjaarden gedood.
Terwijl Atahualpa gevangen werd gehouden, was het rijk verlamd. Atahualpa had uitstekende generaals, maar niemand durfde hem te bevrijden. Atahualpa was erg intelligent en hoorde al snel van de Spaanse liefde voor goud en zilver. Hij bood aan om een grote kamer halfvol met goud en twee keer vol met zilver te vullen voor zijn vrijlating. De Spanjaarden gingen snel akkoord en het goud begon vanuit alle hoeken van de Andes binnen te stromen. Het meeste was in de vorm van kostbare kunst en het was allemaal gesmolten, wat resulteerde in een onberekenbaar cultureel verlies. Sommige hebzuchtige veroveraars deden er alles aan om gouden voorwerpen te breken, zodat het langer zou duren om de kamer te vullen.
Voor de komst van de Spanjaarden had Atahualpa bewezen meedogenloos te zijn in zijn opgang naar macht. Hij beval de dood van zijn broer Huascar en verschillende andere familieleden die zijn weg naar de troon blokkeerden. De Spanjaarden die maandenlang de gevangenen van Atahualpa waren, vonden hem moedig, intelligent en geestig. Hij aanvaardde zijn gevangenschap stoïcijns en bleef zijn volk regeren terwijl hij gevangen zat. Hij had kleine kinderen in Quito door enkele van zijn concubines, en hij was duidelijk behoorlijk gehecht aan hen. Toen de Spanjaarden besloten Atahualpa te executeren, waren sommigen terughoudend om dat te doen omdat ze dol op hem waren geworden.
Hoewel Atahualpa misschien vriendelijk was met sommige individuele Spanjaarden, zoals Francisco Pizarro's broer Hernando, wilde hij ze uit zijn koninkrijk. Hij zei tegen zijn volk geen redding te proberen, in de overtuiging dat de Spanjaarden zouden vertrekken zodra ze hun losgeld hadden ontvangen. Wat betreft de Spanjaarden, ze wisten dat hun gevangene het enige was waardoor een van de legers van Atahualpa niet op hen neerstortte. Atahualpa had drie belangrijke generaals, die elk een leger voerden: Chalcuchima in Jauja, Quisquis in Cuzco en Rumiñahui in Quito.
Generaal Chalcuchima liet zich naar Cajamarca lokken en gevangen nemen, maar de andere twee bleven bedreigingen voor Pizarro en zijn mannen. In juli 1533 begonnen ze geruchten te horen dat Rumiñahui naderde met een machtig leger, opgeroepen door de gevangen keizer om de indringers uit te roeien. Pizarro en zijn mannen raakten in paniek. Ze beschuldigden Atahualpa van verraad en veroordeelden hem om aan de brandstapel te branden, hoewel hij uiteindelijk werd vergooid. Atahualpa stierf op 26 juli 1533 in Cajamarca. Rumiñahui's leger kwam nooit: de geruchten waren vals geweest.
Met Atahualpa dood, brachten de Spanjaarden zijn broer Tupac Huallpa snel op de troon. Hoewel Tupac Huallpa snel stierf aan pokken, was hij een van een reeks marionetten Inca's die de Spanjaarden toestonden de natie te controleren. Toen Atahualpa's neef Túpac Amaru in 1572 werd gedood, stierf de koninklijke Inca-lijn met hem, voor altijd eindigend elke hoop op inheems bestuur in de Andes.
De succesvolle verovering van het Inca-rijk door de Spanjaarden was grotendeels te wijten aan ongelooflijk geluk en verschillende belangrijke fouten door de Andes. Als de Spanjaarden een jaar of twee later waren aangekomen, zou de ambitieuze Atahualpa zijn macht hebben geconsolideerd en de dreiging van de Spanjaarden misschien serieuzer hebben genomen en zich niet zo gemakkelijk laten vangen. De resterende haat door de bevolking van Cuzco voor Atahualpa na de burgeroorlog speelde zeker ook een rol in zijn ondergang.
Na de dood van Atahualpa begonnen sommige mensen in Spanje ongemakkelijke vragen te stellen over de vraag of Pizarro het recht had om Peru binnen te vallen en Atahualpa te veroveren, aangezien Atahualpa hem nooit schade had berokkend. Deze vragen werden uiteindelijk opgelost door te verklaren dat Atahualpa, die jonger was dan zijn broer Huáscar met wie hij had gevochten, zich de troon had toegeëigend. Daarom was het gemotiveerd, hij was fair game. Dit argument was erg zwak - de Inca kon het niet schelen wie ouder was, elke zoon van Huayna Capac had koning kunnen zijn - maar het was voldoende. Tegen 1572 was er een complete lastercampagne tegen Atahualpa, die een wrede tiran en erger werd genoemd. De Spanjaarden, zo werd betoogd, hadden het Andes-volk "gered" van deze "demon".