Hutu en Tutsi zijn twee groepen in Afrika die bij de meeste andere delen van de wereld bekend zijn geworden door de gruwelijke genocide in 1994 in Rwanda, maar de geschiedenis van het conflict tussen de twee etnische groepen reikt verder dan dat.
Over het algemeen komt de Hutu-Tutsi-strijd voort uit klasseoorlogvoering, waarbij de Tutsi's naar verluidt een grotere rijkdom en sociale status hebben (en de voorkeur geven aan veeteelt boven wat wordt gezien als de landbouw van de lagere klasse van de Hutu's). Men denkt dat de Tutsi's oorspronkelijk uit Ethiopië kwamen en arriveerden nadat de Hutu's uit Tsjaad kwamen.
De zaden van wrok voor de minderheid Tutsi's werden gezaaid toen de eerste verkiezingen na het winnen van onafhankelijkheid in mei 1965 sterke Hutu-overwinningen zagen, maar de koning benoemde een Tutsi-vriend-premier, die leidde tot een mislukte poging tot staatsgreep door Hutu's. Hoewel dit snel in de hoofdstad werd onderdrukt, veroorzaakte het extra geweld tussen de twee etnische groepen op het platteland. Tutsi's, die ongeveer 15 procent van de bevolking uitmaken van de Hutu's van 80 procent, bezetten daarnaast andere belangrijke overheids- en militaire posities.
Op 27 april kwamen enkele Hutu-politieagenten in opstand en doodden alle Tutsi's en Hutu's (schattingen variëren van 800 tot 1200 doden) die weigerden mee te doen aan de opstand in de steden Rumonge en Nyanza-Lac, aan het meer. De leiders van de opstand zijn beschreven als geradicaliseerde Hutu-intellectuelen die vanuit Tanzania opereerden. De Tutsi-president, Michel Micombero, reageerde door de staat van beleg te verklaren en de wielen van een Hutu-genocide in gang te zetten. De eerste fase vernietigde vrijwel de opgeleide Hutu's (tegen juni werd bijna 45 procent van de leraren als vermist opgegeven; studenten op technische scholen waren ook het doelwit) en tegen de tijd dat het bloedbad in mei plaatsvond, had ongeveer 5 procent van de bevolking zijn vermoord: schattingen variëren van 100.000 tot 300.000 Hutu.
De Hutu's wonnen het presidentiële kantoor met bankier Melchior Ndadaye en vormden de eerste regering sinds de onafhankelijkheid van België in 1962 met verkiezingen die waren overeengekomen door de regerende Tutsi's, maar Ndadaye werd kort daarna vermoord. De moord op de president gooide het land weer in beroering en claimde ongeveer 25.000 Tutsi-burgers in wraakmoorden. Dit leidde tot moord op Hutu, resulterend in een totaal dodental van ongeveer 50.000 in de komende maanden. De massamoorden op de Tutsi zouden door de Verenigde Naties geen genocide worden genoemd tot een onderzoek in 2002.
In april 1994 werden de Burundese president Cyprien Ntaryamira, een Hutu, en de Rwandese president Juvenal Habyarimana, ook een Hutu, gedood toen hun vliegtuig werd neergeschoten. Tegen die tijd waren tienduizenden Hutu's het Burundese geweld naar Rwanda gevlucht. De schuld voor de moord is gelegd op zowel Tutsi- als Hutu-extremisten; de huidige Rwandese president Paul Kagame, die destijds een Tutsi-rebellengroep leidde, heeft gezegd dat de Hutu-extremisten de raketaanval hebben uitgevoerd om hun lang aangelegde plannen om de Tutsi's uit te roeien in gang te zetten. Deze genocidale plannen werden niet alleen uitgebroed tijdens kabinetsbijeenkomsten, maar verspreidden zich in de media en zetten een lange periode van etnische onrust in Rwanda af..
Tussen april en juli werden ongeveer 800.000 Tutsi's en gematigde Hutu's gedood, waarbij een militie groep genaamd de Interahamwe het voortouw nam bij de slachting. Soms werden Hutu's gedwongen hun Tutsi-buren te doden; andere deelnemers aan de genocide kregen monetaire prikkels. De Verenigde Naties lieten de moorden onverminderd doorgaan nadat 10 Belgische vredeshandhavers werden gedood in de vroege dagen van de genocide.
Veel Hutu-militanten die deelnamen aan de Rwandese genocide vluchtten in 1994 naar Congo en legden kampementen op in bergachtige gebieden die lijken op leengoederen. Bovendien vestigden zich verschillende groepen Hutu's in de strijd tegen de door Tutsi gedomineerde regering van Burundi in het oostelijke deel van het land. De Tutsi-regering in Rwanda is tweemaal binnengevallen met de bedoeling om de Hutu-militanten uit te roeien. De Hutu's vechten ook tegen een Tutsi-rebellenleider, generaal Laurent Nkunda, en zijn troepen. Tot vijf miljoen doden zijn veroorzaakt door de jarenlange gevechten in Congo. De Interahamwe noemen zichzelf nu de Democratische Krachten voor de Bevrijding van Rwanda en gebruiken het land als een verzamelbasis om Kagame in Rwanda omver te werpen. Een van de commandanten van de groep vertelde de Daily Telegraph in 2008: We vechten elke dag omdat we Hutu zijn en zij Tutsi's zijn. We kunnen niet mengen, we zijn altijd in conflict. We zullen voor altijd vijanden blijven. "