In het tijdperk van de klassieke oudheid ondervond Marokko golven van indringers, waaronder Feniciërs, Carthagers, Romeinen, Vandalen en Byzantijnen, maar met de komst van de islam ontwikkelde Marokko onafhankelijke staten die krachtige indringers op afstand hielden.
In 702 legden de Berbers zich voor aan de legers van de islam en namen de islam over. De eerste Marokkaanse staten vormden zich in deze jaren, maar velen werden nog steeds geregeerd door buitenstaanders, van wie sommigen deel uitmaakten van het Umayyad-kalifaat dat het grootste deel van Noord-Afrika beheerste. C. 700 CE. In 1056 ontstond er echter een Berberrijk onder de Almoravid-dynastie, en gedurende de volgende vijfhonderd jaar werd Marokko bestuurd door Berber-dynastieën: de Almoravids (vanaf 1056), Almohads (vanaf 1174), Marinid (vanaf 1296), en Wattasid (vanaf 1465).
Het was tijdens de dynastieën Almoravid en Almohad dat Marokko een groot deel van Noord-Afrika, Spanje en Portugal beheerste. In 1238 verloor de Almohad de controle over het moslimgedeelte van Spanje en Portugal, toen bekend als al-Andalus. De Marinid-dynastie probeerde het terug te krijgen, maar slaagde nooit.
Halverwege de jaren 1500 ontstond opnieuw een machtige staat in Marokko, onder leiding van de Sa'adi-dynastie die in het begin van de jaren 1500 Zuid-Marokko had overgenomen. De Sa'adi versloeg de Wattasid in 1554 en slaagde er vervolgens in om invallen door zowel het Portugese als het Ottomaanse rijk af te weren. In 1603 leidde een opvolgingsgeschil tot een periode van onrust die niet eindigde tot 1671 met de vorming van de Awalite-dynastie, die tot op de dag van vandaag Marokko regeert. Tijdens de onrust had Portugal opnieuw voet aan de grond gekregen in Marokko, maar werd het opnieuw door de nieuwe leiders weggegooid.
Tegen het midden van de 19e eeuw, in een tijd waarin de invloed van het Ottomaanse rijk afnam, begonnen Frankrijk en Spanje grote belangstelling te krijgen voor Marokko. De Algeciras-conferentie (1906) die volgde op de eerste Marokkaanse crisis vormde de speciale interesse van Frankrijk in de regio (tegen Duitsland) en het Verdrag van Fez (1912) maakte van Marokko een Frans protectoraat. Spanje kreeg gezag over Ifni (in het zuiden) en Tétouan in het noorden.
In de jaren 1920 kwamen de Rif Berbers van Marokko, onder leiding van Muhammad Abd el-Krim, in opstand tegen het Franse en Spaanse gezag. De kortstondige Rif-republiek werd in 1926 verpletterd door een gezamenlijke Frans / Spaanse task force.
In 1953 zette Frankrijk de nationalistische leider en sultan Mohammed V ibn Yusuf af, maar zowel nationalistische als religieuze groepen riepen op tot zijn terugkeer. Frankrijk capituleerde en Mohammed V keerde terug in 1955. Op 2 maart 1956 werd Frans Marokko onafhankelijk. Spaans Marokko, met uitzondering van de twee enclaves Ceuta en Melilla, werd in april 1956 onafhankelijk.
Mohammed V werd opgevolgd door zijn zoon, Hasan II ibn Mohammed, bij zijn dood in 1961. Marokko werd een constitutionele monarchie in 1977. Toen Hassan II stierf in 1999 werd hij opgevolgd door zijn vijfendertig jaar oude zoon, Mohammed VI ibn al-Hassan.
Toen Spanje zich in 1976 terugtrok uit de Spaanse Sahara, claimde Marokko soevereiniteit in het noorden. De Spaanse delen in het zuiden, bekend als de Westelijke Sahara, zouden onafhankelijk worden, maar Marokko bezette de regio in de Groene Mars. Aanvankelijk verdeelde Marokko het grondgebied met Mauritanië, maar toen Mauritanië zich in 1979 terugtrok, claimde Marokko het geheel. De status van het grondgebied is een zeer omstreden kwestie, waarbij veel internationale organisaties zoals de Verenigde Naties het erkennen als een niet-zelfbesturend gebied genaamd de Sahrawi Arabische Democratische Republiek.