Malians zijn trots op hun afkomst. Mali is de culturele erfgenaam van de opeenvolging van oude Afrikaanse rijken - Ghana, Malinké en Songhai - die de West-Afrikaanse savanne bezetten. Deze rijken beheersten de handel in de Sahara en hadden contact met de beschavingscentra van de Middellandse Zee en het Midden-Oosten.
Het rijk van Ghana, gedomineerd door de mensen van Soninke of Saracolé en gecentreerd in het gebied langs de grens tussen Malian en Mauritanië, was een machtige handelsstaat van ongeveer 700 tot 1075 n.Chr. 11de eeuw. Het breidde zich snel uit in de 13e eeuw onder leiding van Sundiata Keita en bereikte zijn hoogtepunt rond 1325, toen het Timboektoe en Gao veroverde. Daarna begon het koninkrijk af te nemen en tegen de 15e eeuw beheerste het slechts een kleine fractie van zijn voormalige domein.
Het Songhai-rijk breidde zijn macht vanuit het centrum in Gao uit in de periode 1465-1530. Op zijn hoogtepunt onder Askia Mohammad I omvatte het de Hausa-staten tot Kano (in het huidige Nigeria) en een groot deel van het grondgebied dat tot het Mali-rijk in het westen had behoord. Het werd vernietigd door een Marokkaanse invasie in 1591. Timboektoe was een centrum van handel en van het islamitische geloof gedurende deze periode, en onbetaalbare manuscripten uit dit tijdperk zijn nog steeds bewaard in Timboektoe. (Internationale donoren leveren inspanningen om deze onschatbare manuscripten te helpen bewaren als onderdeel van het culturele erfgoed van Mali.)
Franse militaire penetratie van de Soudan (de Franse naam voor het gebied) begon rond 1880. Tien jaar later deden de Fransen een gezamenlijke inspanning om het binnenland te bezetten. De timing en de ingezeten militaire gouverneurs bepaalden de methoden van hun vooruitgang. Een Franse civiele gouverneur van Soudan werd benoemd in 1893, maar het verzet tegen de Franse controle eindigde pas in 1898 toen de Malinké-krijger Samory Touré na 7 jaar oorlog werd verslagen. De Fransen probeerden indirect te regeren, maar in veel gebieden negeerden ze de traditionele autoriteiten en regeerden ze via aangestelde leiders.
Als de kolonie van Frans Soudan, werd Mali bestuurd met andere Franse koloniale gebieden als de Federatie van Frans West-Afrika. In 1956, met de goedkeuring van de Franse fundamentele wet (Loi Cadre), kreeg de territoriale vergadering uitgebreide bevoegdheden over interne aangelegenheden en mocht het een kabinet vormen met uitvoerende autoriteit over aangelegenheden die onder de bevoegdheid van de vergadering vallen. Na het Franse constitutionele referendum van 1958, de Republique Soudanaise werd lid van de Franse Gemeenschap en genoot volledige interne autonomie.
In januari 1959 trad Soudan toe tot Senegal om de Mali Federatie te vormen, die volledig onafhankelijk werd binnen de Franse Gemeenschap op 20 juni 1960. De federatie stortte in op 20 augustus 1960, toen Senegal zich afscheidde. Op 22 september riep Soudan zichzelf uit tot de Republiek Mali en trok zich terug uit de Franse Gemeenschap.
President Modibo Keita - wiens feest Union Soudanaise-Rassemblement Démocratique Africain (US-RDA, Sudanese Union-African Democratic Rally) had de pre-onafhankelijkheidspolitiek gedomineerd - ging snel over tot het verklaren van een eenpartijstaat en om een socialistisch beleid te voeren op basis van uitgebreide nationalisatie. Een continu verslechterende economie leidde tot een beslissing om zich in 1967 weer bij de Frankzone aan te sluiten en enkele economische excessen aan te passen.
Op 19 november 1968 organiseerde een groep jonge officieren een bloedeloze coup en richtte een 14-koppig militair comité voor nationale bevrijding (CMLN) op, met luitenant Moussa Traoré als voorzitter. De militaire leiders probeerden economische hervormingen door te voeren, maar werden gedurende meerdere jaren geconfronteerd met slopende interne politieke strijd en de rampzalige droogte in de Sahel. Een nieuwe grondwet, goedgekeurd in 1974, creëerde een eenpartijstaat en was ontworpen om Mali te bewegen in de richting van civiel bestuur. De militaire leiders bleven echter aan de macht.
In september 1976 werd een nieuwe politieke partij opgericht, de Union Démocratique du Peuple Malien (UDPM, Democratic Union of the Malian People) gebaseerd op het concept van democratisch centralisme. Presidents- en parlementsverkiezingen werden gehouden in juni 1979 en generaal Moussa Traoré ontving 99% van de stemmen. Zijn inspanningen om de regering van één partij te consolideren, werden in 1980 uitgedaagd door door studenten geleide, anti-regeringsdemonstraties, die op brute wijze werden neergezet, en door drie staatsgreeppogingen.
De politieke situatie stabiliseerde zich in 1981 en 1982 en bleef over het algemeen kalm gedurende de jaren tachtig. De aandacht werd verlegd naar de economische moeilijkheden van Mali en de regering werkte een nieuwe overeenkomst uit met het Internationaal Monetair Fonds (IMF). Tegen 1990 was er echter een groeiende ontevredenheid over de eisen van soberheid opgelegd door de economische hervormingsprogramma's van het IMF en de perceptie dat de president en zijn naaste medewerkers zelf niet aan die eisen voldeden.
Naarmate de vraag naar meerpartijendemocratie toenam, stond de Traoré-regering de opening van het systeem toe (de oprichting van een onafhankelijke pers en onafhankelijke politieke verenigingen) maar stond erop dat Mali niet klaar was voor democratie.
In het begin van 1991 brak het door studenten geleide, anti-regeringsoproer opnieuw uit, maar dit keer steunden ambtenaren en anderen dit. Op 26 maart 1991, na 4 dagen van hevige rellen tegen de regering, arresteerde een groep van 17 militaire officieren president Moussa Traoré en schorste de grondwet. Amadou Toumani Touré nam de macht over als voorzitter van het overgangscomité voor de redding van het volk. Een ontwerp-grondwet werd goedgekeurd in een referendum op 12 januari 1992 en politieke partijen mochten zich vormen. Op 8 juni 1992, Alpha Oumar Konaré, de kandidaat van de Alliantie voor la Démocratie en Mali (ADEMA, Alliance for Democracy in Mali), werd ingehuldigd als president van de Derde Republiek van Mali.
In 1997 liepen pogingen om nationale instellingen te vernieuwen door middel van democratische verkiezingen bestuurlijke moeilijkheden op, wat resulteerde in een nietigverklaring van de parlementsverkiezingen in april 1997. Het toonde echter de overweldigende kracht van de ADEMA-partij van president Konaré aan, waardoor een partijen om volgende verkiezingen te boycotten. President Konaré won op 11 mei de presidentsverkiezingen tegen schaarse oppositie.
Algemene verkiezingen werden georganiseerd in juni en juli 2002. President Konare zocht geen herverkiezing omdat hij zijn tweede en laatste termijn diende, zoals vereist door de grondwet. Gepensioneerde generaal Amadou Toumani Touré, voormalig staatshoofd tijdens de overgang van Mali (1991-1992) werd de tweede democratisch gekozen president van het land als onafhankelijke kandidaat in 2002 en werd herkozen tot een tweede termijn van 5 jaar in 2007.