De Shimabara-rebellie was een boerenopstand tegen Matsukura Katsuie van het Shimabara-domein en Terasawa Katataka van het Karatsu-domein.
Gevochten tussen 17 december 1637 en 15 april 1638 duurde de Shimabara-rebellie vier maanden.
Shimabara rebellen
Tokugawa Shogunate
Oorspronkelijk het land van de christelijke Arima-familie, werd het schiereiland Shimabara in 1614 aan de Matsukura-clan gegeven. Als gevolg van de religieuze band van hun voormalige heer, waren veel van de inwoners van het schiereiland ook christelijk. De eerste van de nieuwe heren, Matsukura Shigemasa, zocht vooruitgang in de gelederen van het Tokugawa Shogunate en hielp bij de bouw van Edo Castle en een geplande invasie van de Filippijnen. Hij voerde ook een strikt vervolgingsbeleid tegen lokale christenen.
Terwijl christenen in andere delen van Japan werden vervolgd, werd de mate van repressie van Matsukura als bijzonder extreem beschouwd door buitenstaanders zoals lokale Nederlandse handelaren. Nadat hij zijn nieuwe land had overgenomen, bouwde Matsukura een nieuw kasteel in Shimabara en zag dat de oude stoel van de Arima-clan, Hara Castle, werd ontmanteld. Om deze projecten te financieren, heft Matsukura zware belastingen op zijn mensen. Dit beleid werd voortgezet door zijn zoon, Matsukura Katsuie. Een vergelijkbare situatie ontwikkelde zich op de aangrenzende Amakusa-eilanden, waar de familie Konishi was ontheemd ten gunste van de Terasawa's.
In de herfst van 1637 kwamen de ontevreden bevolking en de lokale, meesterloze samoerai in het geheim bijeen om een opstand te plannen. Dit brak uit in Shimabara en de Amakusa-eilanden op 17 december, na de moord op de lokale daikan (belastingambtenaar) Hayashi Hyôzaemon. In de vroege dagen van de opstand werden de gouverneur van de regio en meer dan dertig edellieden gedood. De gelederen van de opstand zwol snel op toen al diegenen die in Shimabara en Amakusa woonden werden gedwongen om zich bij de gelederen van het rebellenleger te voegen. De charismatische 14/16-jarige Amakusa Shiro werd geselecteerd om de opstand te leiden.
In een poging om de opstand uit te roeien, stuurde de gouverneur van Nagasaki, Terazawa Katataka, een kracht van 3000 samurai naar Shimabara. Deze strijdmacht werd op 27 december 1637 verslagen door de rebellen, waarbij de gouverneur alle op 200 na zijn mannen verloor. De rebellen namen het initiatief en belegerden de kastelen van de Terazawa-clan in Tomioka en Hondo. Deze bleken niet succesvol, omdat ze gedwongen waren om beide belegeringen af te staan vanwege oprukkende shogunate legers. Het oversteek van de Ariake Zee naar Shimabara, belegerde het kasteel van Shimabara, maar kon het niet overnemen.
Ze trokken zich terug naar de ruïnes van het kasteel van Hara en versterkten de site opnieuw met hout dat van hun schepen was gehaald. Hara voorzien van voedsel en munitie in beslag genomen uit de pakhuizen van Matsukura in Shimabara, bereidden de 27.000-37.000 rebellen zich voor om de shogunate legers te ontvangen die in het gebied aankwamen. Onder leiding van Itakura Shigemasa belegerden shogunate troepen het kasteel van Hara in januari 1638. Itakura vroeg de situatie aan en vroeg de Nederlanders om hulp. Als reactie stuurde Nicolas Koekebakker, het hoofd van het handelsstation in Hirado, buskruit en kanon.
Itakura vroeg vervolgens aan Koekebakker om een schip te sturen om de zeezijde van het kasteel van Hara te bombarderen. Aangekomen in de Ryp (20) begonnen Koekebakker en Itakura met een ineffectief 15-dagen bombardement op de rebellenpositie. Nadat hij door de rebellen werd beschimpt, zond Itakura de Ryp terug naar Hirado. Hij werd later gedood in een mislukte aanval op het kasteel en vervangen door Matsudaira Nobutsuna. Op zoek naar het initiatief, lanceerden de rebellen op 3 februari een grote nachtelijke aanval, waarbij 2.000 soldaten van Hizen werden gedood. Ondanks deze kleine overwinning verslechterde de situatie van de rebellen naarmate de voorzieningen slonken en er meer shogunate troepen arriveerden.
In april werden de 27.000 overgebleven rebellen geconfronteerd met meer dan 125.000 shogunate krijgers. Met weinig keus overgelaten, probeerden ze op 4 april uit te breken, maar konden de lijnen van Matsudaira niet bereiken. Gevangenen die tijdens de strijd werden meegenomen, onthulden dat het voedsel en de munitie van de rebel bijna leeg waren. Shogunate troepen vielen op 12 april aan en slaagden erin de buitenste verdedigingen van Hara in te nemen. Ze gingen door en slaagden er eindelijk in het kasteel te veroveren en de opstand drie dagen later te beëindigen.
Nadat ze het kasteel hadden ingenomen, executeerden de shogunate troepen al die rebellen die nog leefden. Dit in combinatie met degenen die vóór de val van het kasteel zelfmoord pleegden, betekende dat het gehele garnizoen van 27.000 man (mannen, vrouwen en kinderen) stierf als gevolg van de strijd. Alles bij elkaar werden ongeveer 37.000 rebellen en sympathisanten ter dood gebracht. Als leider van de opstand werd Amakusa Shiro onthoofd en zijn hoofd teruggebracht naar Nagasaki voor vertoning.
Aangezien het Shimabara-schiereiland en de Amakusa-eilanden in essentie ontvolkt werden door de opstand, werden nieuwe immigranten binnengebracht uit andere delen van Japan en het land verdeeld over een nieuw stel heren. De shogunate negeerde de rol die overbelasting speelde bij het veroorzaken van de opstand en koos ervoor de schuld aan de christenen te geven. Officieel verbood het geloof, werden Japanse christenen ondergronds gedwongen waar ze bleven tot de 19e eeuw. Bovendien sloot Japan zich af voor de buitenwereld, waardoor slechts enkele Nederlandse handelaren konden blijven.