Een van de meest dringende uitdagingen waarmee Afrikaanse staten voor onafhankelijkheid stonden, was hun gebrek aan infrastructuur. Europese imperialisten waren er trots op beschaving te brengen en Afrika te ontwikkelen, maar zij verlieten hun voormalige koloniën met weinig infrastructuur. De rijken hadden wegen en spoorwegen gebouwd - of liever, ze hadden hun koloniale onderdanen gedwongen om ze te bouwen - maar deze waren niet bedoeld om nationale infrastructuren te bouwen. Imperiale wegen en spoorwegen waren bijna altijd bedoeld om de export van grondstoffen te vergemakkelijken. Velen, zoals de Oegandese spoorweg, liepen recht naar de kustlijn.
Deze nieuwe landen misten ook de productie-infrastructuur om waarde toe te voegen aan hun grondstoffen. Rijk als veel Afrikaanse landen waren in cash gewassen en mineralen, konden ze deze goederen niet zelf verwerken. Hun economieën waren afhankelijk van handel en dit maakte hen kwetsbaar. Ze waren ook opgesloten in cycli van afhankelijkheden van hun voormalige Europese meesters. Ze hadden politieke, niet economische afhankelijkheden gekregen, en zoals Kwame Nkrumah - de eerste premier en president van Ghana - wist, was politieke onafhankelijkheid zonder economische onafhankelijkheid zinloos.
Het gebrek aan infrastructuur betekende ook dat Afrikaanse landen voor een groot deel van hun energie afhankelijk waren van de Westerse economie. Zelfs olierijke landen beschikten niet over de raffinaderijen die nodig waren om hun ruwe olie om te zetten in benzine of stookolie. Sommige leiders, zoals Kwame Nkrumah, probeerden dit recht te zetten door enorme bouwprojecten aan te nemen, zoals het hydro-elektrische damproject in de Volta-rivier. De dam zorgde wel voor de broodnodige elektriciteit, maar de bouw ervan bracht Ghana zwaar in de schulden. De constructie vereiste ook de verplaatsing van tienduizenden Ghanezen en droeg bij aan de enorme steun van Nkrumah in Ghana. In 1966 werd Nkrumah omvergeworpen.
Bij Independence waren er verschillende presidenten, zoals Jomo Kenyatta, die tientallen jaren politieke ervaring hadden, maar anderen, zoals Julius Nyerere in Tanzania, waren al jaren vóór de onafhankelijkheid in de politieke strijd gekomen. Er was ook een duidelijk gebrek aan opgeleid en ervaren civiel leiderschap. De lagere regionen van de koloniale regering waren al lang bemand door Afrikaanse onderdanen, maar de hogere rangen waren gereserveerd voor blanke ambtenaren. De overgang naar nationale officieren bij onafhankelijkheid betekende dat er individuen op alle niveaus van de bureaucratie waren met weinig voorafgaande opleiding. In sommige gevallen leidde dit tot innovatie, maar de vele uitdagingen waarmee Afrikaanse staten voor onafhankelijkheid stonden, werden vaak verergerd door het gebrek aan ervaren leiderschap.
De grenzen waar de nieuwe landen van Afrika achterbleven, waren die in Europa getrokken tijdens de Scramble for Africa, zonder rekening te houden met het etnische of sociale landschap ter plaatse. De onderwerpen van deze kolonies hadden vaak veel identiteiten die hun gevoel van zijn overtrokken, bijvoorbeeld Ghanees of Congolees. Koloniaal beleid dat de ene groep bevoorrechtte boven de andere of grond en politieke rechten door "stammen" toebedeelde, verergerde deze verdeeldheid. Het bekendste geval hiervan was het Belgische beleid dat de verdeeldheid tussen Hutu's en Tutsi's in Rwanda, die leidde tot de tragische genocide in 1994, kristalliseerde.
Onmiddellijk na de dekolonisatie stemden de nieuwe Afrikaanse staten in met een beleid van onschendbare grenzen, wat betekent dat ze niet zouden proberen de politieke kaart van Afrika opnieuw te tekenen, omdat dat tot chaos zou leiden. De leiders van deze landen bleven dus achter de uitdaging om een gevoel van nationale identiteit te smeden op een moment dat degenen die een belang in het nieuwe land zochten vaak voor de regionale of etnische loyaliteit van individuen speelden.
Ten slotte viel de dekolonisatie samen met de Koude Oorlog, die een andere uitdaging vormde voor Afrikaanse staten. De push en pull tussen de Verenigde Staten en de Unie van Socialistische Sovjetrepublieken (USSR) maakte non-alignment een moeilijke, zo niet onmogelijke optie, en die leiders die probeerden de derde weg te banen, vonden over het algemeen dat ze partij moesten kiezen.
Koude oorlogspolitiek bood ook een kans voor facties die de nieuwe regeringen wilden uitdagen. In Angola leidde de internationale steun die de regering en rebellenfracties in de Koude Oorlog ontvingen tot een burgeroorlog die bijna dertig jaar duurde.
Deze gecombineerde uitdagingen maakten het moeilijk om sterke economieën of politieke stabiliteit in Afrika te vestigen en droegen bij aan de omwenteling waarmee veel (maar niet alle!) Staten te maken hadden tussen de late jaren '60 en de late jaren '90.