Evolutie is de verandering in soort in de loop van de tijd. Met de manier waarop ecosystemen op aarde werken, hebben veel soorten echter een nauwe en belangrijke relatie met elkaar om hun voortbestaan te verzekeren. Deze symbiotische relaties, zoals de relatie roofdier-prooi, houden de biosfeer correct draaiend en voorkomen dat soorten uitsterven. Dit betekent dat naarmate de ene soort evolueert, de andere soort op de een of andere manier wordt beïnvloed. Deze co-evolutie van de soort is als een evolutionaire wapenwedloop die erop staat dat de andere soort in de relatie ook moet evolueren om te overleven.
De 'rode koningin'-hypothese in evolutie is gerelateerd aan de co-evolutie van soorten. Het stelt dat soorten zich continu moeten aanpassen en evolueren om genen door te geven aan de volgende generatie en ook te voorkomen dat ze uitsterven wanneer andere soorten binnen een symbiotische relatie evolueren. Voor het eerst voorgesteld in 1973 door Leigh Van Valen, is dit deel van de hypothese vooral belangrijk in een roofdier-prooi relatie of een parasitaire relatie.
Voedselbronnen zijn misschien wel een van de belangrijkste soorten relaties met betrekking tot het overleven van een soort. Als een prooisoort bijvoorbeeld evolueert om in de loop van de tijd sneller te worden, moet het roofdier zich aanpassen en evolueren om de prooi als betrouwbare voedselbron te blijven gebruiken. Anders zal de nu snellere prooi ontsnappen en zal het roofdier een voedselbron verliezen en mogelijk uitsterven. Als het roofdier echter zelf sneller wordt of zich op een andere manier ontwikkelt, zoals heimelijker of een betere jager, dan kan de relatie doorgaan en zullen de roofdieren overleven. Volgens de Red Queen-hypothese is deze heen en weer coevolutie van de soort een constante verandering met kleinere aanpassingen die zich gedurende lange perioden ophopen.
Een ander deel van de Red Queen-hypothese heeft te maken met seksuele selectie. Het heeft betrekking op het eerste deel van de hypothese als een mechanisme om de evolutie met de gewenste eigenschappen te versnellen. Soorten die in staat zijn om een partner te kiezen in plaats van aseksuele reproductie te ondergaan of niet de mogelijkheid hebben om een partner te selecteren, kunnen kenmerken in die partner identificeren die wenselijk zijn en de meer geschikte nakomelingen voor de omgeving produceren. Hopelijk zal deze vermenging van gewenste eigenschappen ertoe leiden dat de nakomelingen door natuurlijke selectie worden gekozen en de soort zal doorgaan. Dit is een bijzonder nuttig mechanisme voor de ene soort in een symbiotische relatie als de andere soort geen seksuele selectie kan ondergaan.
Een voorbeeld van dit type interactie is een gastheer- en parasietrelatie. Personen die willen paren in een gebied met een overvloed aan parasitaire relaties, kunnen op zoek zijn naar een partner die immuun lijkt te zijn voor de parasiet. Omdat de meeste parasieten aseksueel zijn of niet in staat zijn om seksuele selectie te ondergaan, heeft de soort die een immuunpartner kan kiezen een evolutionair voordeel. Het doel zou zijn om nakomelingen te produceren die de eigenschap hebben die hen immuun maken voor de parasiet. Dit zou het nageslacht meer geschikt maken voor het milieu en waarschijnlijker lang genoeg leven om zichzelf te reproduceren en de genen door te geven.
Deze hypothese betekent niet dat de parasiet in dit voorbeeld niet zou kunnen meegroeien. Er zijn meer manieren om aanpassingen te verzamelen dan alleen seksuele selectie van partners. DNA-mutaties kunnen ook alleen bij toeval een verandering in de genenpool veroorzaken. Alle organismen, ongeacht hun reproductiestijl, kunnen op elk moment mutaties hebben. Hierdoor kunnen alle soorten, zelfs parasieten, meegroeien naarmate de andere soorten in hun symbiotische relaties ook evolueren.