Vervolg van:
De lange inspanningen van Margaret Beaufort om de opvolging van haar zoon te promoten, werden rijkelijk beloond, emotioneel en materieel. Henry VII, die Richard III had verslagen en koning werd, had zichzelf op 30 oktober 1485 gekroond. Zijn moeder, nu 42 jaar oud, huilde naar verluidt bij de kroning. Vanaf dit punt werd ze in de rechtbank aangeduid als 'Mijn lieve vrouw, de moeder van de koning'.
Het huwelijk van Henry Tudor met Elizabeth van York zou betekenen dat het recht van zijn kinderen op de kroon veiliger zou zijn, maar hij wilde er zeker van zijn dat zijn eigen claim duidelijk was. Omdat zijn claim door erfenis vrij dun was, en het idee van een koningin die op zichzelf regeert misschien beelden van de burgeroorlog uit de tijd van Matilda zou kunnen opleveren, beweerde Henry de kroon door recht van strijdoverwinning, niet zijn huwelijk met Elizabeth of zijn genealogie. Hij versterkte dit door met Elizabeth van York te trouwen, zoals hij in december 1483 publiekelijk had toegezegd.
Henry Tudor huwde Elizabeth van York op 18 januari 1486. Hij liet ook het parlement de handeling intrekken die, onder Richard III, Elizabeth onwettig had verklaard. (Dit betekent waarschijnlijk dat hij wist dat haar broers, de prinsen in de toren, die een sterkere claim op de kroon zouden hebben dan Henry, dood waren.) Hun eerste zoon, Arthur, werd bijna precies negen maanden later geboren, op 19 september , 1486. Elizabeth werd het volgende jaar gekroond als koningin-gemaal.
Henry kwam na jaren van ballingschap buiten Engeland naar het koningschap, zonder veel ervaring in het bestuur van een regering. Margaret Beaufort had hem in ballingschap geadviseerd en nu was zij een goede adviseur van hem als koning. We weten uit zijn brieven dat hij met haar overlegde over gerechtelijke zaken en veel afspraken.
Hetzelfde parlement uit 1485 dat de onwettigheid van Elizabeth van York intrekte, verklaarde Margaret Beaufort ook vrouwelijke zool - in tegenstelling tot een femme geheime of een vrouw. Nog steeds getrouwd met Stanley, gaf deze status haar een onafhankelijkheid die weinig vrouwen en minder vrouwen onder de wet hadden. Het gaf haar volledige onafhankelijkheid en controle over haar eigen land en financiën. Haar zoon kende haar ook, gedurende een aantal jaren, aanzienlijk meer landen toe die onder haar onafhankelijke controle stonden. Deze zouden natuurlijk terugkeren naar Henry of zijn erfgenamen bij haar dood, omdat ze geen andere kinderen had.
Ondanks het feit dat ze nooit een koningin was geweest, werd Margaret Beaufort aan het hof behandeld met de status van koningin-moeder of bruidsschat. Na 1499 keurde ze de handtekening "Margaret R" goed, wat "koningin" (of "Richmond") kan betekenen. Koningin Elizabeth, haar schoondochter, overtrof haar, maar Margaret liep vlak achter Elizabeth en kleedde zich soms in soortgelijke gewaden. Haar huishouden was luxueus en het grootste in Engeland na dat van haar zoon. Ze is misschien de gravin van Richmond en Derby, maar ze gedroeg zich als gelijk of bijna gelijk aan de koningin.
Elizabeth Woodville trok zich in 1487 terug uit de rechtbank en men gelooft dat Margaret Beaufort haar vertrek heeft veroorzaakt. Margaret Beaufort had toezicht op de koninklijke kwekerij en zelfs op de procedures voor het liggen van de koningin. Ze kreeg de wijk van de jonge hertog van Buckingham, Edward Stafford, zoon van haar overleden bondgenoot (en het neefje van haar overleden echtgenoot), Henry Stafford, wiens titel werd hersteld door Henry VII. (Henry Stafford, veroordeeld voor verraad onder Richard III, had de titel van hem gekregen.)
In haar latere jaren werd Margaret Beaufort genoteerd voor zowel meedogenloosheid in het verdedigen en uitbreiden van haar land en eigendommen, als voor verantwoord toezicht op haar land en het verbeteren ervan voor haar huurders. Ze gaf gul aan religieuze instellingen, en in het bijzonder om de opvoeding van geestelijken in Cambridge te ondersteunen.
Margaret betuttelde de uitgever William Caxton en bestelde veel boeken, sommige om aan haar huishouden te verspreiden. Ze kocht zowel romances als religieuze teksten van Caxton.
In 1497 werd de priester John Fisher haar persoonlijke biechtvader en vriend. Hij begon op te groeien in bekendheid en macht aan de Universiteit van Cambridge met de steun van de koningsmoeder.
Ze zou in 1499 de toestemming van haar man hebben gehad om een gelofte van kuisheid af te leggen, en daarna leefde ze vaak gescheiden van hem. Van 1499 tot 1506 woonde Margaret in een landhuis in Collyweston, Northamptonshire, en verbeterde het zodat het functioneerde als een paleis.
Toen het huwelijk van Catharina van Aragon werd geregeld met de oudste kleinzoon van Margaret, Arthur, kreeg Margaret Beaufort de opdracht om Elizabeth te selecteren die Catherine zou dienen. Margaret drong er ook op aan dat Catherine Frans leerde voordat ze naar Engeland kwam, zodat ze kon communiceren met haar nieuwe familie.
Arthur huwde Catherine in 1501, en toen stierf Arthur het volgende jaar, waarbij zijn jongere broer Henry vervolgens erfgenaam werd. Ook in 1502 gaf Margaret een subsidie aan Cambridge om het Lady Margaret Hoogleraarschap van Goddelijkheid op te richten, en John Fisher werd de eerste die de stoel bezet. Toen Henry VII John Fisher tot bisschop van Rochester benoemde, speelde Margaret Beaufort een rol bij het kiezen van Erasmus als zijn opvolger in het Lady Margaret-hoogleraarschap.