Als erfgename van het rijke hertogdom van Bretagne werd Anne door vele koninklijke families van Europa gezocht als huwelijksprijs.
In 1483 regelde Anne's vader dat ze zou trouwen met de Prins van Wales, Edward, zoon van Edward IV van Engeland. In datzelfde jaar stierf Edward IV en Edward V was kort koning totdat zijn oom, Richard III, de troon overnam en de jonge prins en zijn broer verdwenen en vermoedelijk vermoord zijn.
Een andere mogelijke echtgenoot was Louis van Orleans, maar hij was al getrouwd en zou een nietigverklaring moeten krijgen om met Anne te trouwen.
In 1486 stierf Anne's moeder. Haar vader, zonder mannelijke erfgenamen, regelde dat Anne zijn titels en landen zou erven.
In 1488 werd de vader van Anne gedwongen een verdrag met Frankrijk te ondertekenen waarin stond dat noch Anne noch haar zus Isabelle konden trouwen zonder de toestemming van de koning van Frankrijk. Binnen de maand stierf Anne's vader bij een ongeluk en bleef Anne, nauwelijks ouder dan tien jaar oud, zijn erfgenaam achter.
Alain d'Albret, genaamd Alain de Grote (1440 tot 1552), probeerde een huwelijk met Anne te regelen, in de hoop dat de alliantie met Bretagne zou toevoegen aan zijn macht tegen het koninklijk gezag van Frankrijk. Anne wees zijn voorstel af.
In 1490 stemde Anne ermee in om te trouwen met de Heilige Romeinse keizer Maximiliaan, die een bondgenoot van haar vader was geweest in zijn pogingen om Bretagne onafhankelijk van de Franse controle te houden. Het contract bepaalde dat ze haar soevereine titel als hertogin van Bretagne tijdens haar huwelijk zou behouden. Maximilian was getrouwd geweest met Mary, hertogin van Bourgondië, voordat ze stierf in 1482, en liet een zoon, Philip, zijn erfgenaam, en een dochter Margaret achter, verloofd met Charles, zoon van Louis XI van Frankrijk.
Anne was in 1490 bij volmacht getrouwd met Maximiliaan. Er is nooit een tweede ceremonie gehouden.
Charles, de zoon van Louis, werd koning van Frankrijk als Charles VIII. Zijn zus Anne had gediend als zijn regent voordat hij meerderjarig was. Toen hij zijn meerderheid bereikte en regeerde zonder het regentschap, stuurde hij troepen naar Bretagne om te voorkomen dat Maximiliaan zijn huwelijk met Anne van Bretagne voltooide. Maximilian vocht al in Spanje en Midden-Europa, en Frankrijk was in staat om Bretagne snel te onderwerpen.
Charles regelde dat Anne met hem zou trouwen, en zij stemde toe, in de hoop dat hun regeling Bretagne aanzienlijke onafhankelijkheid zou toestaan. Ze trouwden op 6 december 1491 en Anne werd op 8 februari 1492 tot koningin van Frankrijk gekroond. Toen ze koningin werd, moest ze haar titel als hertogin van Bretagne opgeven. Na dat huwelijk liet Charles het huwelijk van Anne met Maximiliaan nietig verklaren.
Het huwelijkscontract tussen Anne en Charles bepaalde dat wie de ander overleefde, Bretagne zou erven. Het specificeerde ook dat als Charles en Anne geen mannelijke erfgenamen hadden en Charles eerst stierf, dat Anne met de opvolger van Charles zou trouwen.
Hun zoon, Charles, werd geboren in oktober 1492; hij stierf in 1495 aan de mazelen. Een andere zoon stierf kort na de geboorte en er waren twee andere zwangerschappen die eindigden in doodgeborenen.
In april van 1498 stierf Charles. Volgens de voorwaarden van hun huwelijkscontract moest ze trouwen met Louis XII, de opvolger van Charles - dezelfde man die, als Louis van Orleans, eerder als echtgenoot voor Anne was beschouwd, maar werd afgewezen omdat hij al getrouwd was.
Anne stemde ermee in de voorwaarden van het huwelijkscontract te vervullen en met Louis te trouwen, op voorwaarde dat hij binnen een jaar een nietigverklaring van de paus kreeg. Bewerend dat hij zijn huwelijk met zijn vrouw, Jeanne van Frankrijk, een dochter van Lodewijk IX, niet kon voltrekken, hoewel Louis bekend was dat hij opschepte over hun seksuele leven, verkreeg Louis de nietigverklaring van paus Alexander VI, wiens zoon, Caesar Borgia, kreeg Franse titels in ruil voor de toestemming.
Terwijl de nietigverklaring bezig was, keerde Anne terug naar Bretagne, waar ze opnieuw regeerde als hertogin.
Toen de nietigverklaring werd verleend, keerde Anne terug naar Frankrijk om op 8 januari 1499 met Louis te trouwen. Ze droeg een witte jurk voor de bruiloft, het begin van de westerse gewoonte van bruiden die wit droegen voor hun huwelijken. Ze was in staat om te onderhandelen over een huwelijkscontract waardoor ze kon blijven regeren in Bretagne, in plaats van de titel voor de titel van koningin van Frankrijk op te geven.
Anne is negen maanden na de bruiloft bevallen. Het kind, een dochter, heette Claude, die Anne's erfgenaam werd van de titel van hertogin van Bretagne. Als dochter kon Claude de kroon van Frankrijk niet erven omdat Frankrijk de Salic-wet volgde, maar Bretagne niet.
Een jaar na de geboorte van Claude beviel Anne op 25 oktober 1510 van een tweede dochter, Renée.
Anne regelde dat jaar dat haar dochter, Claude, zou trouwen met Charles van Luxemburg, maar Louis deed haar teniet. Louis wilde Claude trouwen met haar neef, Francis, hertog van Angoulême; Francis was erfgenaam van de kroon van Frankrijk na de dood van Louis als Louis geen zonen had. Anne bleef zich verzetten tegen dit huwelijk en had een hekel aan de moeder van Francis, Louise van Savoye, en zag dat als haar dochter met de koning van Frankrijk zou trouwen, Bretagne waarschijnlijk zijn autonomie zou verliezen.
Anne was een beschermheer van de kunsten. De Unicorn Tapestries in het Metropolitan Museum of Art (New York) zijn mogelijk met haar patronage gemaakt. Ze heeft ook een begrafenismonument in opdracht gegeven voor haar vader in Nantes in Bretagne.
Anne stierf aan nierstenen op 9 januari 1514, slechts 36 jaar oud. Terwijl haar begrafenis zich in de kathedraal van Saint-Denis bevond, waar Franse koningen werden gelegd om te rusten, werd haar hart, zoals gespecificeerd in haar testament, in een gouden doos gestopt en naar Nantes in Bretagne gestuurd. Tijdens de Franse revolutie moest dit reliekschrijn samen met vele andere relikwieën worden omgesmolten, maar werd bewaard en beschermd en keerde uiteindelijk terug naar Nantes.
Onmiddellijk na de dood van Anne voerde Louis het huwelijk van Claude met Francis door, die hem zou opvolgen. Louis hertrouwde en nam als zijn vrouw de zus van Henry VIII, Mary Tudor. Louis stierf het volgende jaar zonder de gehoopte mannelijke erfgenaam te krijgen, en Francis, de echtgenoot van Claude, werd koning van Frankrijk en maakte zijn erfgenaam de hertog van Bretagne evenals koning van Frankrijk, waardoor Anne's gehoopte autonomie voor Bretagne eindigde.
Claude's hofdames omvatten Mary Boleyn, die een minnares was van Claude's echtgenoot Francis, en Anne Boleyn, later om Henry VIII van Engeland te trouwen. Een andere hofdame was Diane de Poitiers, de oude minnares van Henry II, een van de zeven kinderen van Francis en Claude. Claude stierf op 24-jarige leeftijd in 1524.
Renée van Frankrijk, de jongere dochter van Anne en Louis, huwde Ercole II d'Este, hertog van Ferrara, zoon van Lucrezia Borgia en haar derde echtgenoot, Alfonso d'Este, broer van Isabella d'Este. Ercole II was dus een kleinzoon van paus Alexander VI, dezelfde paus die de nietigverklaring van het eerste huwelijk van haar vader verleende en zijn huwelijk met Anne toestond. Renée werd geassocieerd met de protestantse reformatie en Calvijn en werd onderworpen aan een ketterij. Ze keerde terug naar Frankrijk nadat haar man in 1559 stierf.