Voorstanders van dierenrechten verzetten zich tegen het houden van dieren in dierentuinen, maar steunen heiligdommen. Ze verzetten zich tegen het houden van dieren in dierentuinen omdat het opsluiten van de dieren voor ons amusement hun recht om te leven zonder menselijke uitbuiting schendt. Zelfs als de dieren van een bedreigde diersoort zijn, is het schenden van hen in een dierentuin omwille van de soort een inbreuk op hun rechten omdat het welzijn van de soort niet boven de rechten van het individu kan worden gesteld. Aan de andere kant redden heiligdommen dieren die niet in het wild kunnen leven en alleen in gevangenschap kunnen overleven.
Zowel dierentuinen als heiligdommen beperken wilde dieren in hokken, tanks en kooien. Velen worden geëxploiteerd door non-profit organisaties, tonen dieren aan het publiek en informeren het publiek over dieren. Sommigen rekenen toegang of vragen een donatie van bezoekers.
Het belangrijkste verschil tussen dierentuinen en heiligdommen is hoe ze hun dieren verwerven. Een dierentuin kan dieren kopen, verkopen, fokken of verhandelen of zelfs dieren uit het wild vangen. De rechten van het individu worden niet beschouwd. Dieren zijn vaak overgefokt omdat dierenverzorgers graag een constant aanbod van babydieren hebben om het publiek aan te trekken. Bezoekers van de dierentuin verwachten levendige, actieve dieren te zien, geen oude, vermoeide dieren. Maar de overbreeding leidt tot overbevolking. Overtollige dieren worden verkocht aan andere dierentuinen, circussen of zelfs jacht op blik. De dieren worden verworven om de belangen van de dierentuin te bevredigen.
Een opvangcentrum fokt, koopt, verkoopt of ruilt geen dieren. Een heiligdom vangt ook geen dieren uit het wild, maar verwerft alleen dieren die niet langer in het wild kunnen overleven. Dit kunnen onder meer gewonde dieren in het wild zijn, in beslag genomen illegale exotische huisdieren, exotische huisdieren die worden overgedragen door hun eigenaren, en dieren uit dierentuinen, circussen, fokkers en laboratoria die worden gesloten. Een dierenreservaat in Florida, Busch Wildlife Sanctuary, houdt opzettelijk sommige dieren uit het zicht, zodat de dieren geen interactie hebben met het publiek. Deze dieren hebben een kans om weer in het wild te worden vrijgelaten als ze herstellen van hun verwonding of ziekte. De dieren die nooit een kans op vrijlating zullen krijgen, zoals wees zwarte zwarte beren die in gevangenschap zijn grootgebracht en niet weten hoe ze in het wild moeten overleven; Florida Panthers die ooit "huisdieren" waren, dus hun klauwen en sommige tanden zijn verwijderd; en slangen die zijn geraakt met schoppen en verblind of anderszins aangetast, mogen door het publiek worden gezien.
Hoewel een dierentuin kan beweren dat ze een educatief doel dienen, rechtvaardigt dit argument niet de opsluiting van de individuele dieren. Ze kunnen ook beweren dat tijd doorbrengen met de dieren mensen inspireert om ze te beschermen, maar hun idee om de dieren te beschermen bestaat erin ze uit het wild te halen om ze in kooien en hokken op te sluiten. Verder zouden dierenverdedigers beweren dat de belangrijkste les die de dierentuin leert, is dat we het recht hebben dieren voor mensen op te sluiten om naar te gapen. Zoo's liefde gebruikt het oude, vermoeide argument dat wanneer kinderen een dier zien, zij er affiniteit voor hebben en het willen beschermen. Maar hier is het ding, elk kind op aarde houdt van dinosaurussen, maar geen enkel kind heeft ooit een dinosaurus gezien.
Sommige voorstanders van dierenwelzijn maken onderscheid tussen erkende dierentuinen en dierentuinen. In de Verenigde Staten verleent de Association of Zoos and Aquariums (AZA) accreditatie aan dierentuinen en aquaria die aan hun normen voldoen, waaronder procedures voor diergezondheid, veiligheid, gastenservice en archivering. De term "dierentuin langs de weg" wordt vaak gebruikt om een dierentuin aan te duiden die niet erkend is en over het algemeen kleiner is, met minder dieren en inferieure voorzieningen.
Hoewel de dieren in dierentuinen langs de weg meer kunnen lijden dan dieren in grotere dierentuinen, verzet de positie van dierenrechten zich tegen alle dierentuinen, ongeacht hoe groot de kooien of hokken zijn.
Bedreigde soorten zijn diersoorten die in een aanzienlijk deel van hun verspreidingsgebied dreigen uit te sterven. Veel dierentuinen nemen deel aan fokprogramma's voor bedreigde diersoorten en zijn misschien ooit de enige plaatsen waar sommige soorten bestaan. Maar het opsluiten van een klein aantal individuen omwille van de soort schendt de rechten van het individu. Een soort heeft geen rechten omdat hij niet bewust is. "Soorten" is een wetenschappelijke categorie die door mensen wordt aangewezen, niet als een bewust gevoel dat kan lijden. De beste manier om bedreigde soorten te redden is door hun habitat te beschermen. Dit is een inspanning die iedereen achter moet laten, want we zitten midden in de zesde massa-uitsterving en we verliezen dieren in een vreselijk snel tempo.
Het lijkt misschien verwarrend voor mensen als ze zien dat voorstanders van dierenrechten dierentuinen boycotten terwijl ze heiligdommen ondersteunen. Hetzelfde kan waar zijn wanneer dierenverdedigers tegen het houden van huisdieren zijn, maar katten en honden uit schuilplaatsen hebben gered. De belangrijke factor om te overwegen is of we de dieren exploiteren of redden. Schuilplaatsen en heiligdommen redden dieren, terwijl dierenwinkels en dierentuinen ze uitbuiten. Het is echt heel simpel.