Het eerste contact tussen beide landen was via handelaren en ontdekkingsreizigers. Later in het midden van de 19e eeuw reisden verschillende vertegenwoordigers van de VS naar Japan om te onderhandelen over handelsovereenkomsten, waaronder Commodore Matthew Perry in 1852 die onderhandelde over het eerste handelsverdrag en de Conventie van Kanagawa. Evenzo kwam een Japanse delegatie in 1860 naar de VS in de hoop de diplomatieke en handelsbetrekkingen tussen beide landen te versterken.
De Tweede Wereldoorlog zag de landen tegen elkaar opgezet nadat de Japanners de Amerikaanse marinebasis in Pearl Harbor, Hawaii, in 1941 hadden gebombardeerd. De oorlog eindigde in 1945 nadat Japan enorme oorlogen had opgelopen door de atoombombardementen op Hiroshima en Nagasaki en het bombardement op Tokio.
Zowel China als de VS raakten betrokken bij de Koreaanse oorlog ter ondersteuning van respectievelijk het noorden en het zuiden. Dit was de enige keer dat soldaten uit beide landen vochten als de VS / VS. strijdkrachten streden met Chinese soldaten tegen de officiële ingang van China in de oorlog om Amerikaanse betrokkenheid tegen te gaan.
Op 14 augustus 1945 gaf Japan zich over, wat leidde tot een bezetting door de overwinnende geallieerden. Toen hij de controle over Japan verkreeg, benoemde de Amerikaanse president Harry Truman generaal Douglas MacArthur tot opperbevelhebber van de geallieerde mogendheden in Japan. De geallieerde troepen werkten aan de wederopbouw van Japan en consolideerden de politieke legitimiteit door publiekelijk aan de zijde van keizer Hirohito te staan. Hierdoor kon MacArthur binnen het politieke systeem werken. Tegen het einde van 1945 werkten ongeveer 350.000 Amerikaanse militairen aan een breed scala aan projecten.
Onder geallieerde controle ondernam Japan een opmerkelijke transformatie gekenmerkt door de nieuwe grondwet van Japan, die de nadruk legde op democratische principes, educatieve en economische hervormingen en demilitarisering die was ingebed in de nieuwe Japanse grondwet. Terwijl de hervormingen plaatsvonden, verschoof MacArthur geleidelijk de politieke controle over naar de Japanners, met als hoogtepunt het Verdrag van San Francisco van 1952, dat de bezetting officieel beëindigde. Dit kader was het begin van een nauwe relatie tussen beide landen die tot op de dag van vandaag voortduurt.
De periode na het San Francisco-verdrag werd gekenmerkt door nauwe samenwerking tussen beide landen, waarbij 47.000 Amerikaanse militaire militairen op uitnodiging van de Japanse regering in Japan bleven. Economische samenwerking heeft ook een grote rol gespeeld in de relatie met de VS die Japan in de naoorlogse periode aanzienlijke steun verleende, aangezien Japan een bondgenoot werd in de Koude Oorlog. Het partnerschap heeft geresulteerd in de heropleving van de Japanse economie, die een van de sterkste economieën in de regio blijft.